下载该R语言包,然后看说明书,需要自己做好三个数据(表达矩阵,分组矩阵,差异比较矩阵),总共三个步骤(lmFit,eBayes,topTable)就可以啦
首先做第一个数据,基因表达矩阵!
自己在NCBI里面可以查到下载地址,然后用R语言读取即可
exprSet=read.table("GSE63067_series_matrix.txt.gz",comment.char = "!",stringsAsFactors=F,header=T)
rownames(exprSet)=exprSet[,1]
exprSet=exprSet[,-1]
然后做好分组矩阵,如下
然后做好,差异比较矩阵,就是说明你想把那些组拿起来做差异分析,如下
最后输出结果:
我进行了6次比较,所以会输出6次比较结果
最后打开差异结果,解读,说明书如下!
在我的github有完整代码