用limma包对芯片数据做差异分析

下载该R语言包,然后看说明书,需要自己做好三个数据(表达矩阵,分组矩阵,差异比较矩阵),总共三个步骤(lmFit,eBayes,topTable)就可以啦

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首先做第一个数据,基因表达矩阵!

自己在NCBI里面可以查到下载地址,然后用R语言读取即可

exprSet=read.table("GSE63067_series_matrix.txt.gz",comment.char = "!",stringsAsFactors=F,header=T)

rownames(exprSet)=exprSet[,1]

exprSet=exprSet[,-1]

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然后做好分组矩阵,如下

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然后做好,差异比较矩阵,就是说明你想把那些组拿起来做差异分析,如下

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最后输出结果:

我进行了6次比较,所以会输出6次比较结果

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最后打开差异结果,解读,说明书如下!

 

 

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在我的github有完整代码

 

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