[perl]
open FH,"/home/jmzeng/hg19/chrY.gene.special.position" or die "file error !!!";
while(<FH>){
    chomp;
    @F=split;
    foreach ($F[1]..$F[2]){
        $h{$_}=$F[3];
    }
    $length{$F[3]}=$F[2]-$F[1]+1;
}
close FH;
open FH,$ARGV[0];
while(<FH>){
    chomp;
    @F=split;
    next unless $F[0] eq 'chrY';
    next if $F[2]<20;
    if (exists $h{$F[1]}){
        $count{$h{$F[1]}}++ ;
    }else{
        $count{'other'}++ ;
    }    
}
close FH;
print "$_\t$length{$_}\t$count{$_}\n" foreach sort keys %count;</pre>
</div>
<div>[/perl]