用crossmap代替liftover做基因组坐标转换

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其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因组坐标转换，它们分别是 (UCSC liftOver, NCBI Remap, Ensembl API)
Ensembl's Assembly Converter.是基于crossmap的，我觉得挺好用的，就介绍给大家！！！

This online tool currently uses CrossMap, which supports a limited number of formats (see our online documentation for details of the individual data formats listed below). CrossMap also discards metadata in files, so track definitions, etc, will be lost on conversion.

Important note: CrossMap converts WIG files to BedGraph internally for efficiency, and also outputs them in BedGraph format.

但是不知道为什么UCSC的liftover最出名，我也写过它的教程，（http://www.bio-info-trainee.com/?p=990）

还算好用，比较真正基因组坐标转换的需求很少，但是略有一些限制，所以我用起来了Ensembl的crossmap软件。
该软件说明书就在主页，很简单的：http://crossmap.sourceforge.net/
一、程序安装

直接wget到linux系统即可，解压之后就能看到该程序，是基于Python的，所以安装方式跟Python模块一样！

软件官网也有安装说明书
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我的安装命令是：
python setup.py  install --user
安装之后添加到环境变量
# setup PYTHONPATH. Skip this step if CrossMap was installed to default location.
$ export PYTHONPATH=/home/jmzeng/.local/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH.
二、输入数据准备

该软件提供了测试数据，也提供了基因组转换的模板chain格式文件：

clipboard
它要求的待转换文件很广泛：
  1. BAM or SAM format.
  2. BED or BED-like format. BED file must has at least 3 columns (‘chrom’, ‘start’, ‘end’).
  3. Wiggle format. “variableStep”, “fixedStep” and “bedGraph” wiggle line are supported.
  4. BigWig format.
  5. GFF or GTF format.
  6. VCF format.
三、运行程序

找到你的crossmap安装目录，根据你的安装命令来的！

我的程序在/home/jmzeng/.local/bin 里面，直接可以使用
根据下面的例子，自己修改就可以了，程序用全路径调用，然后写明是什么文件格式，然后列出chain文件的地址，然后input和output即可

Example (run CrossMap with no output_file specified):

$ python CrossMap.py bed hg18ToHg19.over.chain.gz test.hg18.bed3

Conversion results were printed to screen directly (column1-3 are hg18 based, column5-7 are hg19 based):

chr1   142614848       142617697       ->      chr1    143903503       143906352
chr1   142617697       142623312       ->      chr1    143906355       143911970
chr1   142623313       142623350       ->      chr1    143911971       143912008
chr1   142623351       142626523       ->      chr1    143912009       143915181
chr1   142633862       142633883       ->      chr1    143922520       143922541
chr1   142633884       142636152       ->      chr1    143922542       143924810
chr1   142636152       142636326       ->      chr1    143924813       143924987
chr1   142636339       142636391       ->      chr1    143925000       143925052
chr1   142636392       142637362       ->      chr1    143925052       143926022
chr1   142637373       142639738       ->      chr1    143926033       143928398
chr1   142639739       142639760       ->      chr1    143928399       143928420
chr1   142639761       142640145       ->      chr1    143928421       143928805
chr1   142640153       142641149       ->      chr1    143928813       143929809
四、输出数据解读

输出数据没什么好解读的了，进去的是什么数据，出来的就是什么数据，只是把你的坐标进行了转换

 有个比较重要的事情，这个程序需要python2.7 其它版本不友好！
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