大家分析生物信息学数据的时候必不可少的步骤就是利用各种公共资源对自己的数据进行注释。

这时候可能会用到mysql，把一些公共数据库本地化，方便使用，但是数据的下载已经存储到mysql等数据库中间会有很多值得玩味的事情。

我这里给大家指出一个还算比较标准的参考，就是bioconductor官方制作的数据库设计代码。

bioconductor官方注释方面的包(主要是各种ID的转换，KEGG或者GO这样的功能注释，基因信息注释，转录本，外显子起始终止等等)

目前为止，bioconductor是3.3版本，共896个包

大部分包都是以sqlite的数据库标准发布，所以建表语句是一样的。

所有代码见：https://github.com/Bioconductor-mirror/AnnotationDbi/blob/release-3.2/inst/DBschemas

部分代码如下：

CREATE TABLE metadata (
name VARCHAR(80) PRIMARY KEY,
value VARCHAR(255)
);
CREATE TABLE go_ontology (
ontology VARCHAR(9) PRIMARY KEY,               -- GO ontology (short label)
term_type VARCHAR(18) NOT NULL UNIQUE          -- GO ontology (full label)
);
CREATE TABLE go_term (
_id INTEGER PRIMARY KEY,
go_id CHAR(10) NOT NULL UNIQUE,               -- GO ID
term VARCHAR(255) NOT NULL,                   -- textual label for the GO term
ontology VARCHAR(9) NOT NULL,                 -- REFERENCES go_ontology
definition TEXT NULL,                         -- textual definition for the GO term
FOREIGN KEY (ontology) REFERENCES go_ontology (ontology)
);
CREATE TABLE sqlite_stat1(tbl,idx,stat);
CREATE TABLE go_obsolete (
go_id CHAR(10) PRIMARY KEY,                   -- GO ID
term VARCHAR(255) NOT NULL,                   -- textual label for the GO term
ontology VARCHAR(9) NOT NULL,                 -- REFERENCES go_ontology
definition TEXT NULL,                         -- textual definition for the GO term
FOREIGN KEY (ontology) REFERENCES go_ontology (ontology)
);