如果你研究癌症，那么TCGA计划的如此丰富的公共数据你肯定不能错过，一般人只能获取到level3的数据，当然，其实一般人也没办法使用level1和level2的数据，毕竟近万个癌症样本的原始测序数据，还是很恐怖的，而且我们拿到原始数据，再重新跑pipeline，其实并不一定比人家TCGA本身分析的要好，所以我们直接拿到分析结果，就足够啦！
而分析结果里面，最有用的就是somatic mutation了，我前面很多博客都提到过somatic mutation，包括它的概念以及分析流程，但是我们还有更方便的办法，直接下载已经分析好的somatic mutation文件！
至少目前所有TCGA的somatic mutation文件都是可以下载的：https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+MAF+Files
里面包含的somatic mutation非常多，都是MAF格式记录的，首先，根据各个癌症种类，分成了单独的文件，这样你想研究哪个癌症就下载哪个，然后对每个癌症种类，每次TCGA发表一篇文章，就有一个对应的MAF文件。你可以根据它文章所讲的思路重新别人的分析流程。