使用CEAS软件来对CHIP-seq的peaks进行

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哈佛刘小乐实验室出品的软件，可以跟MACS软件call到的peaks文件无缝连接，实现peaks的注释以及可视化分析
该软件的主页里面很清楚的介绍了它可以做的图，以及每个图的意义：http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/usermanual.html
我这里简单讲一下该软件如何安装以及使用，我这里还是使用我们的CHIP-seq分析系列教程的测试数据。

## 首先安装软件，是一个python程序，非常好安装
## Download and install CEAS
cd ~/biosoft
mkdir CEAS  &&  cd CEAS
tar zxvf CEAS-Package-1.0.2.tar.gz
cd  CEAS-Package-1.0.2
python setup.py install --user
 ~/.local/bin/ceas --help
## 然后测试软件自带的数据
cd ~/biosoft/CEAS
mkdir testData  &&  cd testData
## Human CD4T+ H3K36me3 ChIP-Seq data
#########################run CEAS in the default mode##########################
$ ceas -g gdb -b bed -w wig
where gdb, bed, and wig stands for a sqlite3 file with a gene annotation table and genome background annotation, a BED file with ChIP regions, and a WIG file with ChIP enrichment signal file, respectively.
#########################example for test data : ####################
数据详情如下：
300M May 20  2009 H3K36me3.wig
 68M May 20  2009 H3K36me3.wig.zip
110K May 20  2009 H3K36me3_MACS_pval1e-5_peaks.bed
 43K May 20  2009 H3K36me3_MACS_pval1e-5_peaks.bed.zip
 11M Dec  2  2010 hg18.refGene
用测试数据来测试我们的CEAS软件：
~/.local/bin/ceas --name=H3K36me3_ceas --pf-res=20 \
--gn-group-names='Top 10%,Bottom 10%' -g hg18.refGene -b H3K36me3_MACS_pval1e-5_peaks.bed -w H3K36me3.wig
但是有个重点，如何获取wig文件： https://github.com/crazyhottommy/ChIP-seq-analysis
因为我这里只是用了bowtie比对了得到了bam文件，并没有用MACS软件
GSM1278641    Xu_MUT_rep1_BAF155_MUT    SRR1042593
GSM1278642    Xu_MUT_rep1_Input    SRR1042594
我用的是perl单行命令把bam文件转为wig格式，我这里就拿上面两个样本数据做例子：
samtools depth SRR1042593.sorted.bam | perl -ne 'BEGIN{ print "track type=print wiggle_0 name=SRR1042593 description=SRR1042593\n"}; ($c, $start, $depth) = split; if ($c ne $lastC) { print "variableStep chrom=$c span=10\n"; };$lastC=$c; next unless $. % 10 ==0;print "$start\t$depth\n" unless $depth<3' > SRR1042593.wig
samtools depth SRR1042594.sorted.bam | perl -ne 'BEGIN{ print "track type=print wiggle_0 name=SRR1042594 description=SRR1042594\n"}; ($c, $start, $depth) = split; if ($c ne $lastC) { print "variableStep chrom=$c span=10\n"; };$lastC=$c; next unless $. % 10 ==0;print "$start\t$depth\n" unless $depth<3' > SRR1042594.wig
通过上面的学习，我们学会了该软件的使用，就可以拿自己的数据来玩一玩了。
## 然后处理我们直接的数据
mkdir annotation  &&  cd annotation
~/.local/bin/ceas --name=H3K36me3_ceas --pf-res=20 --gn-group-names='Top 10%,Bottom 10%'  \
-g hg19.refGene -b  ../paper_results/GSM1278641_Xu_MUT_rep1_BAF155_MUT.peaks.bed -w ../rawData/SRR1042593.wig

 

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