阅读文献下载原始reads之pacbio全基因组数据

目录

一:文献解读

二:NCBI搜索

三:构建脚本下载所有reads压缩包

四:用sra-toolkit解压

正文

一:文献解读

NCBI的原始reads数据里面最重要的就是SRP023104这样的字符串,能定位下载数据,也能定位原始文献。

文献地址如下

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4036802/

 

该研究小组还做了很多关于这个足部疾病的工作,其它文献地址如下

https://www.hgsc.bcm.edu/human/charcot-marie-tooth-project

二:NCBI搜索

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX852869[accn]

SRX852869: PacBio whole genome sequencing of Homo sapien personal sample HS-1011
88 PACBIO_SMRT (PacBio RS II) runs: 14.4M spots, 89.6G bases, 319.9Gb downloads

这些数据都是可以下载的!!!

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如果有多余服务器资源,可以考虑下载玩玩这些数据!

这是很久以前的一个草稿帖子了,居然忘记发了,正好我开始有新的服务器了,一定要抽空玩一下三代测序啦!

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