有篇文章提到了cytoscape，想着一直没用过这个神器对不起我生信大神的称号呀，就下载了准备安装，居然报错了，简直不可思议，因为一直以为它是java软件，一般不需要安装，结果是exe的，只是依赖于java，报错是EXE4J_JAVA_HOME, No JVM could be found on your system，这是个很常见的错误，我 简单搜索了解决方案https://wincrunch.com/exe4j-java-home-no-jvm-could-be-found-on-your-system/ 居然无效，但是里面有句话引起了我的注意，通常64位的window电脑的java是安装在Program Files 而不是Program Files (x86)，这才是问题所在，我当初图简单，直接用了JDK来安装JRE，所以导致软件安装目录错误。有非常多的生物信息学软件都依赖与java，比如IGV,GSEA,cytoscape，一般来说window电脑安装好了java之后这些软件都挺好用的。那么关于java问题，我整理了3个：

首先是下载JDK还是JRE的问题：

都可以的，推荐安装JDK！

然后是安装到 “Program Files”还是 “Program Files (x86)”的问题？

现在的电脑都是64位的了，应该安装到Program Files 而不是Program Files (x86)

最后是可以安装多个版本吗？很明显，是可以的

一旦安装了 JDK，您即可设置 JAVA_HOME。需要修改环境变量，大家自行搜索吧，

CLASSPATH设置为.;%JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;

EXE4J_JAVA_HOME设置为C:\Program Files\Java\jre1.8.0_112\bin ## 我这里安装了两个jre

JAVA_HOME设置为C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_111\bin