通过上一讲大家应该明白了，网络图是为了展现分子之间的连接关系的，并不是一定要用cytoscape来做，只需要根据连接关系给我们的所有点安排一个坐标，然后把相应的线连接起来即可！那么既然我们要学习cytoscape，肯定是要用cytoscape做好第一步，就是根据输入数据来做网络图。
可以先了解一下cytoscape定义好的输入数据，
http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual/Network_Formats 当然，其实木有意义！因为我们不可能拿到cytoscape的输入文件（cys格式的），除非是你朋友传给你的。我们肯定是根据txt.csv等分割的文本文件来做网络图。
cytoscape里面有很多示例数据，请务必打开看看：C:\Program Files\Cytoscape_v3.3.0\sampleData 了解它要求什么数据！！！
你可以打开cytoscape，然后直接点击菜单栏的file-->open-->然后选择示例数据的cys文件，就可以看到一个图啦！但是木有任何意义，还是那句老话，你不可能预先得到cys文件，必然是你自己有txt文本数据，然后做出cys的文件。
文本数据必须要有2列，就是source node和target node，其余的都是可选！！！
| source | target |
| YKR026C | YGL122C |
| YGR218W | YGL097W |
| YGL097W | YOR204W |
| YLR249W | YPR080W |
| YLR249W | YBR118W |
| YLR293C | YGL097W |
| YMR146C | YDR429C |
| YDR429C | YFL017C |
| YPR080W | YAL003W |
| YBR118W | YAL003W |
| YOL123W | YGL044C |
| YPL211W | YGR014W |
| YJL030W | YGL229C |
| YJL013C | YGL229C |
| YGL122C | YOL123W |
| YGR014W | YJL030W |
| YGR014W | YJL013C |
| YGR203W | YIL061C |
| YCR084C | YBR112C |
| YCR084C | YCL067C |
导入文本的方式如下：
其实已经有了这两列信息，在R里面就可以自己画网络图了，或者在html网页里面写js来做。实在是没必要用cytoscape，这也就是为什么像我这样的大神，到现在才开始使用cytoscape的原因。即使用cytoscape生成了网络图，还需要进行一大堆的细节调整，很烦人的。