一般来说， 有了kegg的ID，就可以直接去官网查看具体的通路图片，但是需要把差异基因给标注上去，就有点麻烦了，我以前做过类似的工作，结果没有做笔记，这次相当于重新造了个轮子，好惨！

简单的KEGG图片，看下面的url：

可以看出来只需要变化KEGG的ID即可。

如果要做下面的这个，上调基因用红色表示，下调基因用绿色表示：

需要重新理解kegg的API规则，比如：http://www.kegg.jp/kegg/docs/weblink.html

我就造出了下面的links：

当然，肯定不是手动的啦！！！

代码很简单

this_keggID 就是 04115 等等的KEGG的ID，数字格式的哦！

this_kegg_has_geneID <- kegg2GeneID_list[[this_keggID]] ## 拿到这个KEGG的所有基因

this_kegg_has_geneSymbol <- unique(geneAnno(this_kegg_has_geneID)$symbol) ## 把基因的entrez ID转换为gene 的symbol ，其中geneAnno是我自定义的！

## 跟我们的显著上下调基因取交集，其中diff_gene_list是以symbol为标记的

this_kegg_has_geneSymbol_diff <- intersect(this_kegg_has_geneSymbol,diff_gene_list)

## UP GENE: DHX8+red%2Cblue%0D ##自己定义调色规则

## DOWN GENE:DHX8+blue%2Cred%0D

color = ifelse(vcx15_DEG[this_kegg_has_geneSymbol_diff,]$logFC >0 ,'red%2Cblue%0D','blue%2Cred%0D')

## 根据交集的基因来拼接调色字符串咯

kegg_suffix <- paste0(paste(this_kegg_has_geneSymbol_diff,color,sep='+'),collapse = '')

## 再把link给拼起来。

href=paste0("http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map=hsa",

this_keggID,"&multi_query=", kegg_suffix

)

整个过程做成一个循环就好啦！！

我开发的R包有集成这个功能：https://github.com/jmzeng1314/humanid

https://github.com/jmzeng1314/humanid/blob/master/R/add_kegg_up_down_link.R