deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化

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有很多读者来信，CHIP-seq数据比对后的bam文件如果根据基因组的所有基因来画热图，profile图呢？

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这里隆重推荐deeptools这个软件：
第一个功能，把bam文件转换为bw格式文件：
bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw
里面有一个参数非常重要，就是--extendReads 在 macs软件里面也有，macs2 pileup --extsize 200 ，就算是你的reads长度可能不一致，是否需要把它们补齐成一个统一的长度，因为我们只要是测到了reads，就代表那里是有signal的，只是因为我们的测序仪限制，测到的长度不够，或者质量不好，我们QC的时候，把前后碱基给trim掉了。还可以安装基因组的有效大小来对测序深度进行normlization。
第二个功能，画所有基因附近的信号热图，tools: computeMatrix, then plotHeatmap
需要自行下载合适的基因坐标记录文件，BED格式的。把上面两个命令结合起来即可，代码和图形实例如下:
第3个功能，画profile的图！
use computeMatrix for all of the signal files (bigWig format) at once
use plotProfile on the resulting file
还有很多小功能，欢迎大家去探索，这个软件是python软件，安装非常简单：
## Download and install deepTools
## https://github.com/fidelram/deepTools
## http://deeptools.readthedocs.io/en/latest/content/example_usage.html
pip install pyBigWig --user
cd ~/biosoft
mkdir deepTools && cd deepTools
git clone https://github.com/fidelram/deepTools ## 130M,
cd deepTools
python setup.py install --user
## 17 tools in ~/.local/bin/
~/.local/bin/deeptools
安装之后，很多小工具都放到了~/.local/bin/目录：
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如果你有大批量的bam文件，需要批量做，用下面的脚本啦：
ls ../bamFiles/*bam |while read id
do
file=$(basename $id )
sample=${file%%.*}
echo $sample
bamCoverage -b $id -o $sample.bw
computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -b 10000 -a 10000 -R ~/annotation/CHIPseq/mm10/ucsc.refseq.bed -S $sample.bw --skipZeros -o matrix1_${sample}_TSS.gz --outFileSortedRegions regions1_${sample}_genes.bed
plotHeatmap -m matrix1_${sample}_TSS.gz -out ${sample}.png
done

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