生信各种组学群 554052300
WGS/WES/RNA-SEQ/CHIP-SEQ
单细胞转录组分析
de novo 组装(Trinity)
质控(MISO,fastqc,fastx,RSEM)
counts(HTseq,BEDtools,RNA-SeQC)
序列比对(BWA,GSNAP,TopHat,Hisat,Star,bowtie)
寻找差异基因(voom,DESeq,DESeq2,edgeR,BaySeq,SAMseq,)
富集分析(GOstats,GSEA,web-tools)
可变剪切
基因融合(SOAPfusion,FusionSeq, deFuse , TopHat-Fusion , FusionHunter , SnowShoes-FTD, chimerascan，FusionMap)
拷贝数变异检测
alle specific 表达差异
共表达网络
miRNA分析
病毒检测分析
其它注释
癌症信息学 375389720
关注癌症研究的前沿位，研究动态，研究方向，研究单位
癌症按照部位分类，病理分类，分子分类，迁移恶化机制探究
科普，知识传播
最新治疗策略，药物开发动态
TCGA大文章阅读理解，数据分级下载，六种数据下载，不同的分析套路。
各种异常变异如何检测，注释，分级分类，关联
CGAP和HCGP
癌症生物医学信息网络
bioconductor中文社区 535223278
- 软件方面的包（包括各种芯片数据处理，NGS数据处理，差异分析等等！）
- 注释方面的包(第二类是一系列的基因组注释包，主要是各种ID的转换，kegg或者GO这样的功能注释，还有其它基因信息注释，转录本，外显子起始终止等等)
- 实验数据的包(每一个实验数据包都是一篇优秀的生物信息学分析文章，分析方法，思路都是值得学习的！)
- S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解，因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数，需要细致的讲解)
- 分析流程的讲解（共有6个基础流程加上8个进阶流程）
- 其它学习资源收集与翻译(学习过程收集到的资源分享一下)
j基因检测 555689949
QC(测序策略，样本数，测序深度,测序质量等)
alignment(bwa,bowtie)
SNP-calling (GATK,freebayes,varscan,bcftools)
somatic mutation()
driver mutation
annotation()
CNV detection
结构变异
NITP/PGD/癌症早期筛查
可视化 555631759
JavaScript (D3.js)
Shiny (Dashboard)
cytoscape
Ciros/IGV/genome browser
ggplot流派
AI/PS
WEP-APP/API（UCSC），Highcharts
html5
生信统计基础 555635759
编程语言与统计
回归(线性回归，逻辑回归)
主成分分析，差异分析，富集分析等等
检验(T.test, F.test,卡方检验，精确检验)
机器学习(神经网络，多元回归，决策树，聚类，深度学习，集成，贝叶斯)
群名称：生物信息前景讨论
群 号：143777177
生信国内外市场
生信国内外公司业务分布
应用生信分析手段的最新文章
生信数据交流 460143963
基础数据格式(fastq,fasta,sam,bam,vcf,gff,gtf,bed,MAF~~~~)
基础数据ID(entrez ID, Symbol,RefSeq,probeset,PubmedID,OminID,Accnum)
基础数据库(NCBI,ENSEMBL,UCSC,CGHub,)
高级数据库 (TCGA,CCLE,GTEx,IMGT,TIGR,ICGC,GWAS,COSMIC,ExAC,1000genome,hapmap,ENCODE,OMIN,uniprot,proteinatlas)
(HPO,MGI,DO,GeneSigDB,MSigDB,Gene2MeS)
(GEO,SRA,GoNL)
功能数据库(KEGG,GO,Reactome,BioCarta,DrugBank,dbSNP,dbGAP,dbNSFP,pFAM,SMART，CGAP，HCGP)
蛋白质相互作用数据库PPI(BIND,STRING,DIP,MINT,HPRO,bioGRID)
Expression Project for Oncology (expO) database