脚本能力实践
公共资源下载
项目实战
本文主要介绍了生信技能树论坛的互动作业版块的三个部分。脚本能力实践，这部分包括perl和Python的一些入门练习题，以及其他一些脚本相关的小技巧；然后是公共资源下载和项目实战这两部分，有介绍数据下载技巧，有介绍ChIP-Seq数据分析实战的，详情请看下文。
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（2017.12.15）
脚本能力实践
生信编程实战5个月传送门
perl练习系列
【Panda姐-perl练习题1】统计文本中的每个单词出现次数并排序
【Panda姐-perl练习题2】找出两条序列的最长共有序列
【Panda姐-perl练习题3】从gbk文件中提取蛋白序列
【Panda姐-perl练习题4】统计给定序列在基因组上出现的次数
【Panda姐-perl练习题5】将fasta文件中的序列一行转为多行
【Panda姐-perl练习题6】统计两个文件的共有及特有内容
【Panda姐-perl练习题7】不同文件内的数据进行批量运算
【Panda姐-perl练习题8】找出基因列表中出现次数最多的基因
【Panda姐-perl练习题9】统计碱基个数及GC%
【Panda姐-perl练习题10】统计read数、碱基数、最长的read、最短的read及平均read长度的统计
【Panda姐-perl练习题11】缩短序列文件的id行
【Panda姐-perl练习题12】解析JSON数据
【Panda姐-perl练习题13】计算N50，N90等
【bioamin-perl练习1】注释文件.gff和序列文件.fna提取16srRNA
【月亮-Perl练习题1】序列的反向互补
【月亮-Perl练习题2】使用Perl定长切割字符串
Perl-000【作业示例】
perl-013
Perl-043
Python练习系列
【菜鸟Python练习1】[ROSALIND-DNA] 计算DNA中每种核苷酸的数目
【菜鸟Python练习2】[ROSALIND-RNA] 将DNA序列转换为RNA序列
【菜鸟Python练习3】[ROSALIND-REVC] 获取反向互补序列
【菜鸟Python练习4】[ROSALIND-FIB] Fibonacci的兔子
【菜鸟Python练习5】[ROSALIND-GC] 计算GC含量最大的DNA序列
【菜鸟Python练习6】[ROSALIND-HAMM] 计算点突变数目
【菜鸟Python练习7】[ROSALIND-IPRB] Mendel’s First Law
【菜鸟Python练习8】[ROSALIND-PROT] RNA翻译成蛋白质
【菜鸟Python练习9】[ROSALIND-SUBS] 寻找DNA Motif
【菜鸟Python练习10】[ROSALIND-CONS] Consensus and Profile
【菜鸟Python练习11】[ROSALIND-FIBD] Mortal Fibonacci Rabbits
【菜鸟Python练习12】[ROSALIND-GRPH] Overlap Graphs
【菜鸟Python练习13】[ROSALIND-IEV] Calculating Expected Offspring
Python小测001
Python小测002
Python小测003
Python小测004
Python小测005
Python小测006
Python小测007
python-22
其他
【好书分享】生信技能学习指南
比对工具代码大全
把矩阵按照两个阈值来分类
人生第一次实战-GBS数据的进化分析
一行脚本判断你的fastq测序数据的质量编码方式
我在biostar上面回答了一个问题Expand a DNA sequence with IUPAC code
把fasta文件按照序列拆分成小文件很容易，但是
我想迅速拿到一系列基因的详细信息
GATK使用简介
perl实现二分法查询最近的坐标
perl 哈希排序问答
perl脚本将phred64的fq文件转成phred33
fastq数据perl脚本过滤
如何对给定的motif序列匹配 fasta文件，并给出定位信息
【py】rosalind1_Counting DNA Nucleotides
biopython 搜索蛋白序列并以genbank格式写入文件
python [Rosalind]-14 [LCSM] Finding a Shared Motif 最大公共motif
我的Python之路
从fasta序列中随机提取部分序列
R中批量读入文件—assign+paste
R语言的For循环练习，按生物学重复求平均值
脚本到文件的批量处理
文件操作 perl one line 某同学问题的解答
[ROSALIND里的题]把DNA转换成RNA
【learnyoung】答题
开贴刷代码实践，行动代号335
生信编程实战代码注释【第一题：人类基因组的外显子区域到底有多长的python讲师
生信编程实战代码注释【第二题-hg19基因组序列的一些探究】
生信编程实战代码注释【第三题-hg38每条染色体。。】
直播第四题【代码注释】：多个同样的行列式文件合并
公共资源下载
1.学会下载roadmap计划相关所有数据
2.学会下载encode计划的所有相关数据
3.学会下载千人基因组计划的所有数据
4.人类基因组各种版本对应关系
5.基因组标准注释文件-Gencode数据库
6.使用REST API批量下载ENCODE数据
7.机器学习如何应用于生物信息
项目实战
1.MeDIP-seq,ChIP-seq,RNA-seq实战指南！
2.表达芯片数据分析实战一：GPL96-线粒体疾病
3.表达芯片数据分析实战二：GPL15207-nash疾病
4.表达芯片数据分析实战三：GPL6480//Agilent//ArrayExpress
5.表达芯片数据分析实战四：配对样本差异分析
6.CHIP-Seq数据分析实战之组蛋白修饰-H3K27ac
7.ChIP-Seq数据分析实战-喜树碱处理对TP53的结合能力的改变
8.ChIP-Seq数据分析实战-H3K4me2和H3K4me3这两种组蛋白甲基化
9.【精】对LNCS计划的gene list做go和KEGG的富集分析
10.看懂这段芯片数据的差异分析代码
11.学会mysql数据库常见操作
12.做一个GO的网页版浏览工具
13.来一个转录组de novo实战吧
14.mRNA-seq数据分析实战
15.HLA NGS数据分析
16.全外显子数据分析项目实战
17.Less routine, more sincerity-表达芯片数据-差异分析-注释
18.a biologist friendly web based genomics analysis and visualization application
19.在作业之前——读读《R语言与BIOCONDUCTOR生物信息学应用》