bioconductor中文
shiny交互网页
今天给大家介绍的是论坛的生信社区版块，包括bioconductor中文和shiny交互网页这两部分。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善，如果你愿意加入我们一起建设论坛，我们非常欢迎，相信这个过程你一定能收获很多，快到碗里来吧，有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
（2017.12.15）
bioconductor中文
版块背景介绍
basic
S4
高山《R语言与Bioconductor生物信息学应用》笔记
shortread 包，主要用来读取fastq文件（原始数据）
SummarizedExperiment
ExpressionSet类
karyoploteR
用formatR进行代码格式化
读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式
software
Usecase - Basic GRanges and AnnotationHub
GenomicRanges - Lists
GenomicRanges - GRanges
GenomicRanges - Basic GRanges Usage
GenomicRanges - seqinfo
GenomicRanges - Rle
GEOquery
GOsim计算GO terms之间的功能相似性和GO富集分析
GO-function包进行GO富集分析
Count Based RNAseq 就是差异表达的两个包的简介
chip-peaks anno 的rmarkdown 快速四步peaks 注释
BioNet寻找 maximal-scoring subgraph
bioconductor的minfi处理甲基化数据
Biostrings
biomaRt
BatchQC——生成批次效应对数据影响的报告及是否需要校正
加载RDAVIDWebService包遇到的rjava问题
用SomaticSignatures包来解析maf突变数据获得mutation signature
在R里面操作SQLite
用R包BayesPeak来对CHIP-seq数据call peaks
用RankProd包对芯片数据做差异分析
maSigPro对有时间点的芯片或者RNA-Seq做差异分析
通过识别共表达模式聚类高通量测序数据——clusterSeq包
利用shortread 得到质量分数
IRanges包
DESeq2
lumi-对illumina的bead系列的表达谱和甲基化芯片标准化
limma常用的预处理差异表达一体包
oligo 阵列数据读取和归一化
org.Xx.eg.db
rtracklayer - Data Import
Rsamtools
R的bioconductor里面的stringDB包来做PPI分析
用samr包对芯片数据做差异分析
SNPrelate包
使用ChippeakAnno的通用下游分析流程
AnnotationHub一个数据资源的包
annotation
GenomicFeatures
GO.db/topGO/goseq R包
GO.db 这个包里面记录着GO数据库的各种信息
experiment
GSE62944-所有TCGA收集的mRNA表达数据集数据集
hapmapsnp6就存储着一堆hapmap计划包括的snp6芯片数据而已
other
Getting Data into Bioconductor （文件的读入）
shiny交互网页
Shiny基础学习
0-shiny app的模板代码
1-shiny创建交互式网页链接用renderUI和href
2-显示一个有图片的列表用sanitize.text.function = function(x) x
3-显示一个带链接的列表用escape = FALSE
4-把shiny代码嵌合在markdown文档里面，制作交互文档
5-实现条件控件，在满足一定条件该控件才显示在界面上
6-用DT包来辅助shiny写网页显示表格
7-结合session来更新UI端的控件，包括显示那个窗口等等
8-得到url传入的变量列表，基于get请求头
9-多个控件控制同一个变量
10-用shiny创造交互控件
11-把shiny网页在独立进程里运行
12-shiny的调试技巧
13-上传文件到shiny
14-在shiny里面实现文件下载功能
15-在shiny里面用mysql搜索一个在R里面搜索一个数组
16-在shiny用控件获取用户多行文本输入，用换行符切割
17-shiny里面显示中文
18一个控件随着另一个控件变化
R的shiny 服务器管理-入门
安装自己的shiny服务器-实战指南
shiny服务器设置用户名和密码登陆才能使用APP
Shiny-server安装及初步使用
shiny-server安装,报错处理与端口转发
shiny做网页必学包-shinydashboard
R的shiny网页里面添加进度条
shiny网页设计的小图标大全-icon
在R的shiny网页程序里面永久性的存储数据
用url来控制网页控件
shiny网页里面的图片不是表面看起来那样
Shiny 写的网页报错怎么办
用shinyJS包来丰富网页应用
在shiny程序里面嵌入IGV来做可视化
在shiny程序里面安装Google分析追踪器
用shiny画图并且提供下载
用shinyBS实现弹窗全选警告功能
使用shiny展示ComplexHeatmap做热图的部分功能
不敢想象shiny的插件已经丰富到如此
shiny 基础控件总结
shiny ui 初探 小结
shiny的DT包控制表格以下拉滚动条形式显示数据
shiny的DT包控制表格任意显示列或者选择行
设置shiny的DT表格的每一列居中显示
shiny小玩具-镶嵌子页面
表格里面铺满按钮，并且任意增删它们
给菜单栏添加前进后退按钮-JS技巧
半收敛菜单栏-CSS技巧
两个shiny工具文章推荐
5种场合需要用action button
shiny第一天
上传shiny程序至shinyapps.io