研读橡胶的基因组文章
我本科的前两年在海南儋州读书，那时候旁边就是橡胶所，很多同学也在那边做毕业论文什么的，我一直以为那里是全世界的橡胶中心，所有的先进技术都在那里产生，结果，前些天跟一个橡胶所的老师聊天才发现，居然橡胶(Hevea brasiliensis)的基因组已经发表了，可是，跟橡胶所没有半毛钱关系，更搞笑的事情是，堂堂一个基因组文章居然发表在BMC这样的杂志，真不知道是基因组的年代已经过去了还是他们做的实在是太差了，反正我看不过去了，所以研读他们的文章，并且下载数据测试一下。
文章地址如下:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3575267/
可以看到它过于数据的描述都在补充材料1里面，所以我下载了补充材料。
可以看到所有的测序数据的描述，45个G的i llumina的200bp的双端测序，27个G的illumina的200bp的双端测序，约10G左右的长片段（8kb，20kb）罗氏454数据，最后还有一点点solid数据，它这样的测序策略好像是模仿的2011年发布的草莓基因组数据。
但是补充材料里面没有列出下载地址，我有点困惑！
按照道理我研读文献的步骤应该没有错，有可能是因为这个文章发表的杂志水平太低，所以不要求他们把测序原始数据上传到NCBI的SRA里面。或者是他们本身觉得文章发的不够档次，不想公布数据，所以先留着自己做精细分析，等发了大文章再公布原始数据。
然后我在NCBI的SRA里面查找了关于橡胶的原始数据，果真没有
仅有的10个数据，都是别的小组做的RNA-seq的内容。
De novo transcriptome analysis of abiotic stress responsive transcripts of Hevea brasiliensis.
所以我只好找了他们所参考的草莓（strawberry, Fragaria vesca (2n = 2x = 14)，a small genome (240 Mb),）的文章，是发表是nature genetics上面的