PDGF-DD作用于NK细胞
文章是：Natural Killer Cells Control Tumor Growth by Sensing a Growth Factor ，PMID:29275861 DOI:10.1016/j.cell.2017.11.037 研究发现了NK细胞通过监测生长因子PDGF-DD控制肿瘤生长。
背景知识
The human NKp44 receptor (encoded by NCR2) is expressed by
- activated NK cells (Vitale et al., 1998)
- innate lymphoid cells of group 1 (ILC1) (Fuchs et al., 2013)
- innate lymphoid cells of group group 3 (ILC3) (Cella et al., 2009)
- plasmacytoid dendritic cells (Fuchs et al., 2005)
多种肿瘤可产生血小板源性生长因子 PDGF-DD，通过自分泌和旁分泌PDGFRβ信号通路，促进细胞增殖、上皮间质转化、间质反应和血管生成。
人体免疫系统本身就有抵御与自我修复能力，一旦人体某个部位出现伤口，血小板最快通过血液输送到伤口处进行凝血，同时分泌出一种物质PDGF。因此PDGF是人体某个部位受损时，血小板最早释放的一类生长因子，它的作用就是修复伤口，让伤口进行更好更完整的愈合。
Arnold Kriegstein和Michael Oldham领导研究团队比较了小鼠和人类的放射状胶质细胞（radial glial cell）。他们发现，在大脑皮层的发育过程中，这些细胞里激活的基因大部分相同。不过有18个基因只在人类放射状胶质细胞中有活性，PDGFD就是其中之一。
扁桃体：tonsil
PDGFD, PDGF-D, and PDGF-DD isoforms
PDGF-D is a member of the PDGF family that signals through PDGFRb
PDGF-BB,PDGF-CC,PDGF-DD 都不一样。
研究亮点：
PDGF-DD是人自然杀伤细胞（NK）和固有淋巴细胞（ILC）受体NKp44（NCR2编码）的配体；
PDGF-DD与NKp44之间的相互作用刺激NK细胞分泌IFN-γ、TNF-α和趋化因子；
PDGF-DD诱导NK细胞分泌细胞因子可触发肿瘤细胞周期停滞；
NCR2转基因小鼠可抑制其体内PDGF-DD阳性癌细胞的生长。
首先分析PDGF-DD 作用于正常人的NK细胞
这里用的是RNA-seq，转录组数据包括4个正常人的NK细胞以及一个AF1的3种处理（ 250 ng/mL PDGF-DD or PMA/ionomycin or left unstimulated ）的数据，共15个样本，数据都在GSE107047
这4个正常人的NK细胞的PDGF-DD 处理与否转录组数据比较后做了火山图和热图，还有KEGG富集分析，说明PDGF-DD 的处理主要改变的是免疫相关的通路。
其次检验PDGF-DD 作用于人类扁桃体ILC1细胞
虽然可以作用于NK细胞，但还是要检验其是否能作用于 ILC3 and intraepithelial ILC1
使用PDGF-DD刺激与否的人类扁桃体ILC1细胞表达水平的变化：GSE107043
In comparison to un-stimulated ILC1, PDGF-DD induced the expression of 127 genes and downregulation of 102 genes，发现PDGF-DD 作用于人类扁桃体ILC1细胞的效果与作用于NK细胞的效果类似。
最后检验PDGF-DD 作用于肿瘤细胞系
Because PDGF-DD/NKp44 interactions induced IFN-g and TNF-a secretion by NK cells, ILC3 and ILC1, we tested the hypothesis that this interaction might promote cell-cycle arrest in tumor cell lines.
这里使用了 Colo38 and Meljuso (both melanoma), OVCA (ovarian) and MCF7 (breast)这4种癌症细胞系的3种处理（negative_supernatant，NKDD_supernatant，media）数据， 共12个样本，数据都在GSE107047
这4个癌症细胞系转录组数据也是比较了两种处理，做了火山图和热图，还有KEGG富集分析。
还统一看了看细胞因子相关基因和细胞周期相关基因在所有转录组样本的表达情况。
公共数据验证
在TCGA的GBM的芯片表达数据里面可以看到 以下正相关关系：
- NCR2 expression
- upregulation of PDGF-DD-induced NK cell cytokine genes (芯片数据)
- downregulation of tumor cell-cycle genes
- greater survival
分别如下图
