搜索其他学者的RNA数据处理流程(包括原始数据、脚本、中间文件)
一:原始数据
是谷歌里面无意中搜索到的,是某个物种的RNA数据,不是很大,但是里面有所有的分析流程,非常方便,对原始reads进行了组装,和注释。
http://moana.dnsalias.org/~sgeib/Anth_RNAseq/Run2.1/RawData/
打开网址可以看到raw data的下载链接
二:中间文件
可以清楚的看到所有的流程操作手册
要是有空,可以对它们做一次检验,需要的空间不大40多个G的空间即可。
它是通过solexaQA套件中的两个perl程序来过滤reads的
它过滤之前和过滤之后都用来fastqc来进行质控画图
过滤之后的数据量如图所示
对这些reads进行trinity组装好得到转录本信息,是312M的数据量
转录本的统计信息如下
三:处理流程
四:所有的脚本,有兴趣的同学可以自行下载慢慢解读