网站成立也快一个月了，总算是完全搞定了生信领域的一个方向，当然，只是在菜鸟层面上的搞定，还有很多深层次的应用及挖掘，仅仅是我所讲解的这些软件也有多如羊毛的参数可以变幻，复杂的很。其实我最擅长的并不是转录组，但是因为一些特殊的原因，我恰好做了三个转录组项目，所以手头上关于它的资料比较多，就分享给大家啦！稍后我会列一个网站更新计划，就好谈到我所擅长的基因组及免疫组库。我这里简单对转录组做一个总结：

首先当然是我的转录组分类网站啦

http://www.bio-info-trainee.com/?cat=18

同样的我用脚本总结一下给大家

http://www.bio-info-trainee.com/?p=370阅读更多关于《转录组-GO和KEGG富集的R包clusterProfiler》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=359阅读更多关于《转录组-GO通路富集-WEGO网站使用》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=346阅读更多关于《转录组-TransDecoder-对trinity结果进行注释》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=271阅读更多关于《转录组cummeRbund操作笔记》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=255阅读更多关于《转录组edgeR分析差异基因》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=244阅读更多关于《转录组HTseq对基因表达量进行计数》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=166阅读更多关于《转录组cufflinks套装的使用》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=156阅读更多关于《转录组比对软件tophat的使用》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=125阅读更多关于《Trinity进行转录组组装的使用说明》

http://www.bio-info-trainee.com/?p=113阅读更多关于《RSeQC对 RNA-seq数据质控》

同时我也讲了如何下载数据

http://www.bio-info-trainee.com/?p=32

原始SRA数据首先用SRAtoolkit数据解压，然后进行过滤，评估质量，然后trinity组装，然后对组装好的进行注释，然后走另一条路进行差异基因，差异基因有tophat+cufflinks+cummeRbund，也有HTseq 和edgeR等等，然后是GO和KEGG通路注释，等等。

在我的群里面共享了所有的代码及帖子内容，欢迎加群201161227，生信菜鸟团！

http://www.bio-info-trainee.com/?p=1

线下交流-生物信息学
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http://www.cutt.com/app/down/840375