首先进入bowtie的主页，千万要谷歌！！！
http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
主页里面有下载链接，也有索引文件，当然索引文件只有人类等模式生物
下载之后是个压缩包，解压即可使用
可以看到绿色的就是命令，可以添加到环境变量使用，也可以直接用全路径使用它！！！
然后example文件夹里面有所有的测试文件。
二、准备数据
我们就用软件自带的测试数据
三、运行命令
分为两步，首先索引，然后比对！！！
- 索引，bowtie2-build your-fastq-file.fa your-index-name
然后你的目录就产生了六个索引文件，我给索引取名是tmp，你们可以随便取名字
- 然后比对，分两种，一是单端测序数据，二是双端数据
重点参数的-x 和 –S ，单端是-U 双端是-1 -2
Bowtie –x tmp –U reads.fa –S hahahhha.sam
Bowtie –x tmp -1 reads1.fa -2 reads2.fa –S hahahha.sam
四：输出文件解读
就是输出了sam文件咯，这个就看我的sam文件格式讲解哈