100篇泛癌研究文献解读之磷酸化相关点突变

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为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
本研究发表在： Sci Rep. 2013 Oct ，文章是：The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer. 同样是(TCGA) pan-cancer 数据集 的3,185 genomes and 12 cancer types，重点关注于 Phosphorylation-related SNVs (pSNVs)
本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

使用ActiveDriver算法来找驱动基因

实际上发表于Sci Rep. 2013 Oct 的研究使用了4个算法 (MuSiC, Onco-driveFM, OncodriveCLUST and ActiveDriver) 应用到了TCGA计划的12个癌症的三千多病人数据。而本文只是用了ActiveDriver而已，
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pSNVs相关基因的通路

全文就这个图看起来很酷炫。
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后记

本研究并不复杂，也很容易复现出来， 主要就是发表的比较早，从有个很简单的角度，就是Phosphorylation-related SNVs (pSNVs) 来探讨，同样的道理，大家都可以探讨自己熟悉的生物学现象。
本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

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