其实我现在一般都用的是blast++了，也专门写了篇日志介绍它！

但是看到一些就的服务器上面只有blast，所以就搜了一些它的用法。

主要参考 http://www.bio.ku.dk/nuf/resources/BLAST_index.htm

很简单的两个步骤

首先建库formatdb -i Cad16_aa.fasta -p T -o F

就是把 Cad16_aa.fasta这个序列文件变成blast专用的库，-p选项中的T是代表蛋白库

然后就比对咯，比对程序有六个，需要用-p来选择

blastall -p blastx -d nr -i 19A.fa -o 19A.outm -v 1 -b 1 -m 8

上面这个命令就是选择了blastx这个比对程序，数据库是nr ，输入的查询序列是 19A.fa

然后我们输出格式的m8，这个格式很重要，我们还可以设置-a控制cpu数量，和-e控制阈值