有学员看了我们的甲基化芯片教程(大概是两年前),想跟着代码来跑自己的数据,但是卡在安装R包上面,就是一个很简单的注释包(IlluminaHumanMethylation450k.db),注释我们甲基化芯片设计的探针到对应的基因组坐标。
报错信息如下:
BiocManager::install('IlluminaHumanMethylation450k.db')
#Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05)
#Installing package(s) 'IlluminaHumanMethylation450k.db'
#Update old packages: 'boot', 'foreign', 'nlme'
#Update all/some/none? [a/s/n]:
#The downloaded binary packages are in
#/var/folders/tw/1zmf20b95k9f8k36bf_rlzkh0000gn/T//Rtmpxz3UuA/downloaded_packages
#Warning message:
# package 'IlluminaHumanMethylation450k.db' is not available (for R version 3.6.1)
这是一个大名鼎鼎的 is not available 错误,翻译成为中文,就是你想安装的包在指定的R或者bioconductor版本里面不存在。学员来求助于我,下意识的我会检查他的R或者bioconductor版本,然后看是不是R包名字输入错误。
版本是:Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05) 看起来没有问题,R包名字我也谷歌搜索了:https://www.bioconductor.org/packages//2.12/data/annotation/html/IlluminaHumanMethylation450k.db.html
但是我注意到了一行字:
Home Bioconductor 2.12 Annotation Packages IlluminaHumanMethylation450k.db
IlluminaHumanMethylation450k.db
This package is for version 2.12 of Bioconductor; for the stable, up-to-date release version, see IlluminaHumanMethylation450k.db.
也就是说,这个包是被删除了,在 https://bioconductor.org/about/removed-packages/ 可以看到是很早之前,就被删除了。
如何安装被移除的R包呢
这个其实跟我之前讲解的如何安装旧版R包有异曲同工之妙。