如果学徒之后跑流程，那其实前途很有限，所以我安排了一个随机任务，考核他们查资料解决问题的能力。我在Published: 04 April 2012 文章， The clonal and mutational evolution spectrum of primary triple-negative breast cancers 看到了一个有趣的图。

首先走wes流程拿到bam文件

这个我们多次讲解了，略

然后根据CCDS数据库拿到人类全部exon的坐标

$ head hg38.exon.bed
chr1 69090 70007 OR4F5 0 +
chr1 450739 451677 OR4F29 0 +
chr1 685715 686653 OR4F16 0 +
chr1 801942 802433 LINC00115 0 +
chr1 925941 926012 SAMD11 0 +
chr1 930154 930335 SAMD11 0 +
chr1 931038 931088 SAMD11 0 +
chr1 935771 935895 SAMD11 0 +
chr1 939039 939128 SAMD11 0 +
chr1 939274 939459 SAMD11 0 +

使用samtools工具对exon坐标全部碱基计算覆盖深度

很简单的命令：

~/miniconda2/envs/WES/bin/samtools depth -b hg38.exon.bed a5.sort.bam > /tmp/tmp.depth

$ head tmp.depth
chr1 69091 5
chr1 69092 5
chr1 69093 5
chr1 69094 5
chr1 69095 4
chr1 69096 4
chr1 69097 4
chr1 69098 4
chr1 69099 4
chr1 69100 4

使用bedtools把碱基覆盖深度归属于exon

可以看到每个exon的所以坐标都是有测序深度的

chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69091 69091 5
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69092 69092 5
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69093 69093 5
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69094 69094 5
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69095 69095 4
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69096 69096 4
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69097 69097 4
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69098 69098 4
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69099 69099 4
chr1 69090 70007 OR4F5 0 + chr1 69100 69100 4

对exon进行汇总

每个坐标的测序深度取平均值即可，可以写一个简短的perl脚本，或者直接读入该文件到R语言

绘制boxplot