义诊

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朋友圈医务工作者不少，经常看到各个疾病方向的义诊通知，各大城市均有，很佩服大家，而且我表示实名羡慕。虽然我不是学医的，但是也可以从另外一个层面帮助一下大家，我也来一个义诊，那就是我们生信技能树最擅长生物信息学方面的“义诊”啦！
大家都知道，因为深度依托于生物学，所以生物信息学也是复杂的不要不要的，比如目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，TCGA数据库就至少包含8种数据：

  • DNA Sequencing
  • miRNA Sequencing
  • Protein Expression array
  • mRNA Sequencing
  • Total RNA Sequencing
  • Array-based Expression
  • DNA Methylation array
  • Copy Number array
    大部分科研课题组其实做不到每种数据都精通，更别说很多课题组人员流失严重，技术断层现象普遍，导致不是课题进展缓慢，文章发不出去了或者被抢发，甚至几百万科研经费就打水漂。
    在做知识整理和分享的这6年，类似的现象和求助我早日见怪不怪了！大多数情况下，我能做的真的很少，虽然大家求助的时候看起来都情深意切，但是我们双方都知道，我并不提供科研服务也不可能全身心投入到本来也不属于你的课题，作为咨询者的你，一份简陋的邮件很的可能上其实就是病急乱求医罢了。
    如果你恰好有不确定的测序课题设计问题，恰好有不确定的数据分析流程的步骤软件参数阈值选择问题，或者其它觉得我可以帮到你的，而且你又恰好在这个时间段，在上海（11月23号周六下午3-6点，上海张江高科），可以过来参加我们的生物信息学的“义诊”。

    义诊规则

    既然说了是“义诊”，那必须是免费的啦！不过，我们交流的形式是公开的，所以如果你的课题是高度机密，请留意明天的通知，这个“义诊”就不适合你啦！
    时间肯定是不能变化的，我大老远飞去上海，总共就十几个小时时间，必须是你迁就我！
    具体地址我还没有确定，根据参加人数来临时决定，肯定是在上海张江高科区域啦，毕竟我在那边工作生活了一年多， 还是蛮有感情的！
    因为是第一次，所以我也不确定会是一种什么样的形式，你我将共同创造历史！
    申请规则也非常简单，因为是“义诊”所以需要加上一点门槛，你需要邮件（jmzeng1314@163.com）写清楚你的问题，我会根据问题的价值，凭我自己的感觉来挑选朋友参加我们的义诊活动！如果你确实时间地点都不合适参加我们的义诊，也可以考虑根据下面的规则来邮件（jmzeng1314@163.com）提问，也有一定几率能获得答疑！
    image-20191112100253312

    下面是一些实例

    比如代码细节问题：

    1、比对率低于多少这个样本可以剔除掉，因为在hisat2比对的时候有几个样本就77%，有几个是85%，其他基本在90%以上（绝大多数在95%以上），你这边有没有可供参考的文章
2、nohup重定向中，nohup ./start.sh & 默认输出到nohup.out文件
nohup ./start.sh >output 2>&1 & 指定输出到output文件
如果追加的话是nohup ./start.sh >>output 2>&1 & 但是2>&1是什么意思，因为在网上看的时候有些人又不加这个，是因为循环的问题吗
3、如果用trim_galore用同样的参数对样本【已经用相同参数处理过一次】再处理，结果是不是不会变化
4、同时运行相同的命令会出现问题吗：因为在运行的过程中一时没注意同时运行了如下命令（类似）：samtools sort -@ 20 -o test.sort.bam test.bam 和 samtools sort -@ 30 -o test.sort.bam test.bam；最后结果是3g，然后我后来单独运行后的结果也是3g。我就默认是一致了，想问我的想法是对的吗，因为按理说应该是覆盖的关系，但是这种同时运行我就不清楚了。
5、sed -n '1,217p' bam.txt | while read id;do (nohup samtools sort -@ 30 -o ${id%.*}.sort.bam $id );done 在前台运行的程序ctrl + z暂停后然后用bg %1后台挂起运行，但只运行了一会，进程就消失了，这是为什么。

    比如流程选择问题：

    我现在在做六组rnaseq的特异基因分析（看每一组相对其他组的高表达），deseq2的统计原理是t-test，并不适用，我觉得应该用anova的统计方法。请问我该用什么方法呢？
现在我知道的是有一个k-means分组，还有deseq2老版本里面有一个anova函数但是新版本中已经删掉了，不知道这两种方法科学合理吗？或者有其它应该用的方法？

    或者是绘图问题，做完GSEA之后想把多个信号通路图绘制在一起：
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    比如网页工具问题：

    1.现在官方CIBERSORT网站，无法上传数据，请问有没有什么办法可以使用CIBERSORT 
2.我们实验室有一组肿瘤的芯片表达谱，我想比较这组芯片和TCGA上的RNAseq得到的免疫浸润情况，请问是否可行，及对数据的处理方法。

    比如数据分析实战问题：

    使用getGEO下载GSE129816数据时下载得到的矩阵文件，在执行exprSet=exprs(gset)这一步时得到的是一个空的矩阵。我看了一下文件大小就不对，并不是下载时出了问题，直接打开后里面也没有具体每个样本的表达矩阵。
然后我直接下载原始数据，他给出的原始数据是excel形式的，附件里有。使用平台是GPL13112，这个平台我没有找到对应的R包，而且原始文件给出的好像不是探针号，使用getGEO('GPL13112',destdir =".")后，Table(GPL13112)依然得到一个空的矩阵，我尝试了一下这个平台其他的一些测序数据，都是这样，没法进行下一步了，我想问下像这种数据集该如何分析。
我是北京协和医学院一名研二在读学生，看了您的教程后在尝试分析一些跟我课题相关的数据

    也可以是资源申请，我这里有几百个T的生物信息学资料，基本上你想要的，我这里都有，如果没有，我也可以找十万粉丝帮你收集！

    同时招收志愿者

    因为我也没有组织过义诊，而且已经好些年没有回上海了，不是很熟悉那边的情况，如果你想全程参与，深度参与我们的义诊活动，欢迎报名参加志愿者！同样的是需要邮件（jmzeng1314@163.com）申请，志愿者至少可以获得无限生物信息学资料吧，还有优先提问几乎一个！

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