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背景知识

adeno-CRPC 和 NEPC区别
两个细胞系：

  • LNCaP，人前列腺癌细胞LNCaP克隆FGC是从一位50岁白人男性(血型B+)的左锁骨淋巴结针刺活检中分离，该患者经确诊为前列腺癌转移。
  • PC3
    Hypoxia 和 Normoxia 区别
    使用siRNA敲OC2，还有过表达它。
    HIF2A转录调控Hypoxia
    hypoxia can induce NE plasticity in PCa
    测序数据都在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE106305

    首先通过TCGA和CCLE数据库定位到目标基因

    主要关注一系列的 NET: neuroendocrine tumor; 数据库挖掘策略如下：
    image-20190319165416515
    纳入癌症包括：

  • NEPC: neuroendocrine prostate cancer;
  • Adeno-CRPC: castration-resistant prostate adenocarcinoma;
  • SCLC: small cell lung cancer;
  • NSCLC: non-small cell lung cancer (exclusive of large cell lung cancer).
    热图可视化其中的9个上调基因（转录因子）：
    image-20190319165428119
    还有更多数据库挖掘细节，包括 GSE90891等等。
    分析后定位到 ONECUT2 基因
    image-20190319165926828

    然后使用siRNA敲目标基因后做RNA-seq得到目标通路

    在PC3细胞系使用siRNA敲OC2基因，发现 Hypoxia 通路显著下调
    image-20190319165752016
    所以首先使得PC3细胞系暴露在hypoxic条件下，再看OC2的影响，发现它被上调。
    image-20190319170039523
    拿出hypoxic基因集热图可视化：
    image-20190319170218109
    毫无疑问，在 hypoxic 条件下，hypoxic相关基因当然是高表达，但是敲OC2基因，可以一定程度环节hypoxic相关基因的高表达。
    所以，顺理成章的推理出来：ONECUT2 regulates tumor hypoxia

    目标基因和目标通路的连接

    以前的研究表明HIF2A转录调控Hypoxia，但是本次敲OC2基因并没有发现HIF2A的蛋白变化了，所以它们之间有其它调控关系。而且实验表明它们也不能之间接触，所以合理的推测OC2应该是调控HIF2A的一个co-factor，所以作者这个时候需要使用ChIP-seq技术了。
    首先，两个IP的peaks重合太少：
    image-20190319171747398
    没办法说明下面这个现象，就是敲OC2基因可以造成HIF2A的bind水平全局下降
    image-20190319170959406
    所以使用下面的策略，从两个基因集里面试图定位最后的转录调控基因。
    image-20190319171013023
    接下来就探索SMAD3这个基因，使用 reChIP-Seq 技术。

  • This analysis identified 12,445 high- confidence binding sites, of which 87% overlapped with both HIF1α and SMAD3 ChIP-Seq peaks
  • In contrast, SMAD3 and HIF2α ChIP-re-ChIP-Seq identified only 324 peaks (2.7%) overlapped with both HIF2α and SMAD3 ChIP-Seq peaks
    image-20190319172130063
    发现其实SMAD3 directly interacts with HIF1α but not HIF2α.
    image-20190319172508829

    探索目标基因的生物学功能

    这里主要是 neuroendocrine plasticity

    其它细胞系验证

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