三代(PacBio/Sequel/Nanopore)细菌完成图

Posted on by

前面我们在 单细胞转录组数据分析大放价 （疫情期间不打烊），里面提到了因为疫情原因，一些老同事不得不身兼多职，甚至下海接项目。

而且独行侠做项目，基本上只能是以公司报价的一半以下，才有竞争力。并且项目通常接的不多，所以可以跟客户进行充足的沟通！

现在推出第二个分析项目：三代(PacBio/Sequel/Nanopore)细菌完成图，请有需要的朋友直接跟工程师沟通自己的需求！每个数据都可以提供标准分析和适当的个性化分析！

标准分析列表

1 数据处理

  • 1）去除接头污染和低质量数据；
  • 2）产出数据及质控统计；

    2 基因组概况（GC-depth 分析，k-mer 分析，NT 库比对）

    3 基因组组分分析

  • 1) 基因成分；
  • 2) 重复序列；
  • 3) 非编码 RNA；
  • 4) CRISPR；
  • 5) 前噬菌体；
  • 6) 基因岛。

    4 基因功能分析

  • 1)通用功能注释(默认 KEGG、SwissProt、GO，可选 Nr，COG)
  • 2)动物病原细菌致病性和耐药性分析（适用动物病原细菌）
    • III 型分泌系统效应蛋白预测(革兰氏阴性菌) ；
    • 病原与宿主互作数据库（PHI）注释 ；
    • 细菌致病菌毒力因子（VFDB）注释 ；
    • 耐药基因（ARDB）注释 ；
  • 3) 植物病原细菌致病性分析（适用植物病原细菌）
    • III 型分泌系统效应蛋白预测(革兰氏阴性菌) ；
    • 病原与宿主互作数据库（PHI）数据库注释 ；
    • 碳水化合物相关酶（CAZy）数据库注释 ；

      5 比较基因组分析（需要参考序列）

  • 1) 结构变异（共线性）；
  • 2) 共有基因和特有基因；
  • 3) 基因家族；
  • 4) 物种进化（基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统进化树）；

个性化分析需要细谈

三代(PacBio/Sequel/Nanopore)数据处理目前教程比较少，很多分析要点，需要从文献里面查询，工程师也是现学现卖，所以需要充分沟通！

烦请确实有这个数据分析需求的，直接微信联系我哈！在：生信技能树超级VIP入场券 里面可以找到我的微信二维码哦，加油，看好你！我会帮你对接工程师！

价格

样本数量 单价/样
1-5 1800
6-10 1500
大于10 1200

一般为7个工作日交付（不含测序时间），具体随样本增多可能适量增加分析时间!

文末友情宣传

强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI，多一点数据认知，让他们的科研上一个台阶：

​

Comments are closed.