组学技术层出不穷,基本上都可以在单细胞水平实现,虽然大家接触的都是单细胞转录组,其实主要是因为10X仪器商业化的成功,目前10X在主攻scATAC和空间转录组解决方案,那么肯定会有人感兴趣scATAC的数据处理了。
这里我直接推荐一篇文章 ,他们的全部数据集和代码都共享了:
一般来说,访问 GitHub会有一点点困难,加油!
https://github.com/GreenleafLab/10x-scATAC-2019
当然了,看懂这些代码,需要有一些基础,有2个学习班推荐给大家:
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文章是:Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion. Nature Biotechnology (Satpathy, Granja et al. 2019)
Link : https://www.nature.com/articles/s41587-019-0206-z我的B站免费视频课程
虽然我出品了两个单细胞课程, 但是确实没有 scATAC 项目,就不凑热闹啦!不过我有一个ATAC-SEQ实战演练视频,免费在B站,https://www.bilibili.com/video/BV1C7411C7ez 大家学习的时候记得发弹幕交流哈!
同步查看视频配套代码 : https://www.jianshu.com/p/5bce43a537fd
ATAC-SEQ实战演练的素材链接:https://share.weiyun.com/5rYmPT1 密码:dr3ub6 包括一些公司PPT,综述以及文献。测试数据下载方式也是在里面了。
ATAC-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/2DG1mC2kdg 密码:rf2n文末友情宣传
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