前面我已经把全网第一个单细胞课程（基础课程）免费公布在B站：https://www.bilibili.com/video/av38741055
- 结业考核20题：https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w
- 课程配套资料文档在：https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0Fab3JBRUx0
我一直强调其实单细胞转录组就是3大R包的熟练使用，有一个学员笔记做的非常详细，值得推荐！不过我课程仅仅是针对单细胞转录组，其实现在单细胞ATAC-seq数据也很流行。
这个学生不仅仅是分享了我推荐的3大R包，还包括一些单细胞ATAC-seq数据分析相关的R包。
Seurat包学习笔记
- Seurat包学习笔记（一）：Guided Clustering Tutorial
- Seurat包学习笔记（二）：Integration and Label Transfer
- Seurat包学习笔记（三）：Analysis of spatial datasets
- Seurat包学习笔记（四）：Using sctransform in Seurat
- Seurat包学习笔记（五）：Using Seurat with multi-modal data
- Seurat包学习笔记（六）：scATAC-seq + scRNA-seq integration
- Seurat包学习笔记（七）：Stimulated vs Control PBMCs
- Seurat包学习笔记（八）：Cell-Cycle Scoring and Regression
- Seurat包学习笔记（九）：Differential expression testing
- Seurat包学习笔记（十）：New data visualization methods in v3.0
- Seurat CheatSheet思维导图
- Seurat对象解读思维导图
- 使用Shiny搭建基于Seurat包的单细胞数据可视化平台
Scater包学习笔记
Monocle2包学习笔记
- Monocle2包学习笔记（一）：Getting Started with Monocle
- Monocle2包学习笔记（二）：Classifying and Counting Cells
- Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories
- Monocle2包学习笔记（四）：Differential Expression Analysis
Palantir包学习笔记
Signac包学习笔记
- 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
- 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（二）：Motif analysis with Signac
- 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（三）：scATAC-seq data integration
- 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（四）：Merging objects
Cicero包学习笔记
- 使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（一）：Cicero introduction and installing
- 使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（二）：Constructing cis-regulatory networks
- 使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（三）：Single-cell accessibility trajectory
文末友情宣传
强烈建议你推荐我们生信技能树给身边的博士后以及年轻生物学PI，帮助他们多一点数据认知，让科研更上一个台阶：
- 生信爆款入门-全球听（买一得五）（第4期），你的生物信息学入门课
- 数据挖掘第2期（两天变三周，实力加量），医学生/临床医师首选技能提高课
- 生信技能树的2019年终总结 ，你的生物信息学成长宝藏
- 2020学习主旋律，B站74小时免费教学视频为你领路，还等什么，看啊！！！