如果你问我R代码调试我就会告诉你head

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任何一个编程语言， 要想足够好用，都必须要有完善的代码调试机制，毕竟谁写代码还不碰到几个bug呢。

比如R语言编程，简单的R代码调试，其实靠head，str，help函数即可。所以我从强调初学者应该是要至少把这3个函数敲1000遍以上。比如，群里有人问它的表达矩阵里面的探针ID，跟他准备好的探针ID与基因对应表格， 无法匹配，自己在Excel手动搜索，明明是每一个探针都存在于准备好的探针ID与基因对应表格里面。

探针ID与基因对应表格

我让他把两个数据保存为rdata给我，我写代码检查了一下：

rm(list = ls()) 
load('input.Rdata')
head(ids)
exprSet[1:4,1:4]
head(rownames(exprSet))
rownames(exprSet)=gsub('"','',rownames(exprSet))
head(rownames(exprSet))

其实我就是简简单单的使用了head函数，就调试出来了。

不过，也有高级调试工具debugging tools，比如一些R中的调试函数

  • traceback 函数
  • debug 函数
  • browser 函数
  • trace 函数
  • recover 函数

另外，很多开发者在编写其R包的函数里面，也会加入3种用户交互信息：

  • message：由message()函数产生
  • warning：由warning()函数产生
  • error：由stop()函数产生
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