日常刷文献,看到一个热图,非常长!如下:
也不知道为什么,也许纯粹是突发奇想吧,出一个习题给学徒,拿到这个热图里面的基因名字。我给出3个提示,看看大家属于哪一种人!
首先,是可以使用图片识别软件,把这个热图上传到图像识别网站,应该是可以拿到基因列表,当然了,肯定会有识别的错误率,毕竟 1,I,l 就很难区分,嘻嘻…
或者人工手打这些基因名字,计算机图像识别没办法区分 1,I,l ,肉眼应该是分辨能力好一点吧,就是很浪费时间,100个基因名字,手打也需要几分钟!
最后就是绕一个远路,下载RNA-seq测序数据,在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE91384
走RNA-seq上游分析流程拿到表达矩阵,然后走下游差异分析流程,定位到:55 upregulated genes and 40 downregulated genes with P values of 0.05 and 2-fold changes in expression
GSM2422342 HOK16B_Ctl #1 (mRNA)
GSM2422343 HOK16B_Ctl #2 (mRNA)
GSM2422344 HOK16B_Ctl #3 (mRNA)
GSM2422345 HOK16B_Ctl #4 (mRNA)
GSM2422346 HOK16B_VLV #1 (mRNA)
GSM2422347 HOK16B_VLV #2 (mRNA)
GSM2422348 HOK16B_VLV #3 (mRNA)
GSM2422349 HOK16B_VLV #4 (mRNA)
文章是:Virus-Like Vesicles of Kaposi’s Sarcoma- Associated Herpesvirus Activate Lytic Replication by Triggering Differentiation Signaling
如果你感兴趣RNA-seq上游分析流程拿到表达矩阵,下游差异分析流程,可以发邮件给我(到 jmzeng1314@163.com )申请相关视频和代码,前提是说明你为什么需要,以及你属于哪一种学习者。