最近在朋友圈看到非常多的报喜，都是单细胞相关课题的顺利结束以及文章的发表，不知道是不是因为疫情隔离期间的大半年的辛勤耕耘的结果。三年前我创立《单细胞天地公众号》开始大力宣传单细胞技术的前景，伴随着10X仪器的流行单细胞转录组技术也走入“寻常百姓家”。所以收到了越来越多的单细胞数据处理方面的求助，我也顺理成章的推出了两个课程，目前免费共享在B站视频：
全网第一个单细胞课程（免费基础课程）
- 免费学习地址在B站：https://www.bilibili.com/video/av38741055 ，欢迎提问弹幕交流！
- 务必听课后完成结业考核20题：https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w
- 课程配套资料文档在：https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0Fab3JBRUx0
技能树出品的第二个单细胞课程（进阶课程，仍然免费）
- 详情请自行阅读介绍 https://mp.weixin.qq.com/s/bLfO-8ri_SNUepGs4UwRQw
- 本课程长期答疑文档，https://docs.qq.com/doc/DT0FxbEpHYU5ZVlpu
因为课程涉及到知识点太多，所以我拆分成为了5个子课程，欢迎B站提问弹幕交流！全部链接是：
- 「生信技能树」单细胞进阶数据处理之文献导读，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV17f4y1R7N8
- 「生信技能树」使用10X单细胞转录组数据探索免疫治疗，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1xD4y1S74P
- 「生信技能树」单细胞基因组数据拷贝数变异分析流程，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1Yf4y1R75R
- 「生信技能树」云服务器处理单细胞转录组数据，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV154411Z7DU
- 「生信技能树」使用Smart-seq2单细胞转录组数据探索小鼠性腺发育，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1454y1q77Z
我相信肯定是已经帮助了不少人，而且我很有信心，在完全免费后，能帮助更多的《单细胞天地公众号》以及《生信技能树公众号》的粉丝。
在这里我有一个学术请求，如果你对你的课题有一定的掌控能力，就是发表文章的时候说得上话，而且确实得到了我的代码和教程的帮助，或者在我们的平台咨询过单细胞数据分析相关的问题，希望你可以加上一个致谢，如下：
We thank Dr.Jianming Zeng(University of Macau), and all the members of his bioinformatics team, biotrainee, for generously sharing their experience and codes.
我们的教程覆盖面非常广泛
单细胞基础10讲
- 上游分析流程
- 课题多少个样品，测序数据量如何
- 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
- 过滤线粒体核糖体基因
- 去除细胞效应和基因效应
- 单细胞转录组数据的降维聚类分群
- 单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释
- 把拿到的亚群进行更细致的分群
- 单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较
以及个性化汇总
cellranger流程相关
- 单细胞实战(一)数据下载
- 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项
- 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探
- 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览
- 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果
- cellranger更新到4啦（全新使用教程）
课题思路相关
还有：使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本 和 seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组对比 。
文献速递以及文献精读
单细胞天地每周发布1~2篇文献解读相关推文，希望大家紧跟前沿，学习 新的分析方法。