这个软件是对我们的比对结果（通常是bwa,bowtie,tophat,hisat,star）bam或者sam来进行一个可视化的总结，类似于fastqc对我们的fastq测序结果做一个可视化总结，非常好用。

一．下载并安装该软件

软件主页是http://samstat.sourceforge.net/ 里面对该软件进行非常详细的说明

包括installation和usage，我这里简单的翻译一下。

Wget http://liquidtelecom.dl.sourceforge.net/project/samstat/samstat-1.5.tar.gz

解压开看里面的readme有介绍如何安装这个软件

Unpack the tarball:

bash-3.1$ tar -zxvf samstat-XXX.tar.gz

bash-3.1$ cd samstat

bash-3.1$ ./configure

bash-3.1$ make

bash-3.1$ make check

bash-3.1$ make install

如果用root命令就可以直接用samstat啦

如果没有root权限，安装的时候稍微有点不同

./configure  --prefix=/home/jmzeng/my-bin/

make

make install

很简单的

二，数据，就是我们的bam文件啦

三，运行命令

四，结果

简单看看samtools flagstat 740WT1.bam  的结果

19232378 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)

0 + 0 duplicates

18846845 + 0 mapped (98.00%:-nan%)

0 + 0 paired in sequencing

0 + 0 read1

0 + 0 read2

0 + 0 properly paired (-nan%:-nan%)

0 + 0 with itself and mate mapped

0 + 0 singletons (-nan%:-nan%)

0 + 0 with mate mapped to a different chr

0 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)

然后再看看我们的samstat的结果！

740WT1.bam.samstat.html

一个网页，非常丰富的内容

内容太多了，我懒得解释了

见软件说明书http://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAMStat