周六文献阅读目录

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我们在2020疫情爆发前，系统性整理了生信菜鸟团公众号在2019年的文献阅读专辑的目录，并且提出如果大家能在假期刷完这些文献的摘要，应该就是了不起的科研人员了！

现在回访一下，大家读的怎么样了？

  • 第44期：代谢途径，GWAS，信息疾病，癌症统计数据
  • 第43期：泛基因组学, 蛋白质结构预测和设计, 数据标准化方法, 单细胞多组学, 蛋白质组学
  • 第42期：全长转录组、基因调控网络
  • 第41期：免疫浸润、免疫调控数据库、scRNA-seq、降维可视化
  • 第40期：深度学习，药物基因组学，假基因
  • 第39期：非编码RNA，scRNA-seq分析工具，深度学习，组织透明化成像技术，肿瘤转移
  • 第38期：亚洲人群队列，肿瘤突变和负向选择，Enhancer 数据库
  • 第37期：转座子、单细胞、肿瘤克隆、微生物组、基因组测序
  • 第36期：免疫检查点抑制剂、转移瘤、深度学习、微生物组
  • 第35期：肿瘤免疫、肝癌复发、宏基因组、结构变异、lncRNA-chromatin
  • 第34期：scATAC-seq, scRNA-seq, Immunology
  • 第33期：Smart-seq3, GWAS, RNA velocity, ChIP-seq normalization
  • 第32期：肿瘤蛋白质组学、肿瘤进化、基因集分析、GO、亚洲人群参考基因组
  • 第31期
    • 在UVB诱导小鼠皮肤癌模型里发现ITH比TMB更能预测免疫治疗效果
    • m6A调控因子的pan-cancer数据挖掘
    • GTEx v8最新数据和功能
  • 第30期
    • 简单实用的人类肠道菌群数据库
    • 新型转座因子探测工具
    • 如何在学术界找工作的最新调查报告
  • 第29期
    • 评估癌症免疫力的新一代工具
    • 新一代的变异发现工具
    • scATAC-seq和深度学习联合揭示2型糖尿病的调控特征
    • 快速搜索单细胞数据资源
  • 第28期
    • 研究RNA与染色质构象相互作用的方法
    • 蛋白质体外液液相分离数据库—— LLPSDB
    • 一文综述利用多组学数据构建调控网络的方法
  • 第27期
    • 单细胞空间转录组分析和可视化流程
    • 交互式的Nextflow流程开发工具
    • 当前最佳的单细胞RNA-seq数据分析教程
  • 第26期
    • Cell 发文 pan-cancer 转录组研究揭示可变启动子的重要调控功能
    • 藏人基因组组装
  • 第25期
    • 植物基因家族研究的黄金范本
    • 基于贝叶斯分层模型的可变剪切检测工具
    • 生信分析中控制FDR方法的实用指南
    • 与侵袭性甲状腺癌进展相关的基因组和转录组特征的综合分析
  • 第24期
    • 玉米种子发育过程的转录调控和肺癌不同进展期的免疫调控数据分析的比较
    • 一套快速高效的宏基因组分析流程
    • 在多个物种中比较短序列RNA-seq的组装工具
    • 用Charlson合并症指数强化机器学习模型
  • 第23期
    • HUPAN：构建人类或者大型真核生物的泛基因组的可靠工具
    • 使用未知微生物组的数据来提高模型的准确性
    • 一文阐述DNA甲基化在哺乳动物发育和疾病中的不同作用
    • 把TCGA的参考基因组换成hg38后的影响
  • 第22期
    • 再见线性基因参考序列，你好基因组图谱
    • 快速、省资源的长读长基因组组装软件 Peregrine — 100分钟内完成人类基因组组装
    • 一篇精简的肿瘤异质性研究综述
    • 一篇综述介绍新生转录本(Nascent RNA)的研究内容和分析方法
    • 使用机器学习算法找到软组织肉瘤的novel marker
    • 跨平台和跨物种的单细胞分类计算工具SingleCellNet
  • 第21期
    • 分析微生物组你不得不知的软件 —— QIIME 2
    • 癌症突变模式可以更新啦
    • 适用于长序列和短序列的新型RNA-seq比对工具
  • 第20期
    • 大神级的RNA-Seq综述
    • CD24基因的扩增可作为乳腺癌独立预测因子
    • 头颈癌基因药物关联数据库
    • 泛癌症的膜蛋白调控网络
    • PreMedKB：疾病—基因—变异—药物知识库
  • 第19期
    • 一个整合转录组和基因组信息的工具——Texomer
    • 植物基因家族挖掘神器
    • 胰腺癌研究数据库
    • 血液细胞中lncRNA的分类、起源和功能的一篇综述
  • 第18期
    • 大规模反刍动物群体遗传研究
    • 单细胞RNA测序研究的实验设计指南
    • 十年前收集病人五年前公布数据今天发nature
    • 炎症性肠病中肠道微生态系统的多组学分析
  • 第17期
    • 你认为的潜在驱动突变可能只是因为它恰好处于易突变的位置
    • 用于追溯微生物组来源的新工具
    • 了解植物R基因的聚集模式帮助我们了解其抵御原理
    • 新型高效地SV探测工具
  • 第16期
    • 胡杨属泛基因提供了该属的进化历史的更多细节
    • 沉默突变并不“沉默”，认识一个癌症同义突变数据库
    • 从scATAC-seq数据中同时识别细胞状态和顺式调控的R包
    • 长序列测序和植物基因组从头组装的工具与策略
  • 第15期
    • 了解解决人类温饱问题最先进的育种技术
    • 铁死亡，治疗耐药和免疫逃逸癌症的新思路
    • 针对ATAC-seq数据特点专门开发的peak calling工具
    • SnapATAC—单细胞表观基因组快速准确的聚类分析方法
    • 深度学习在生物医学中面临的机遇和挑战（超长综述）
  • 第14期
    • 将训练的机器学习算法与测序质量信息相结合的变异过滤方法
    • 单细胞ATAC-seq分析的算法和工具包
    • 不同形式的单细胞数据整合策略
    • TCGA数据库临床资料官方大全
    • 机器学习在宏基因组数据中的应用
  • 第13期
    • 简单易用的最新 TE 注释流程
    • 高分癌症分子亚型Meta-Analysis
    • 用于训练机器学习模型的微生物组标准数据库
    • WGS 数据全面评估 69 种各类结构变异工具
    • 植物近似基因组间基因错误注释情况分析
  • 第12期
    • 图谱基因组是未来基因组的趋势
    • 利用动态贝叶斯网络预测纵向时间队列数据以重新整合数据
    • 病人样本量不够公共数据库来凑
    • 适用于两组转录组数据的全自动分析流程
    • 十分推荐的全能多组学数据可视化 R 包
  • 第11期
    • 第一个针对转录组下游可变剪接分析的Unix命令行工具套件
    • 有效提取高通量测序中的核苷酸变异信息
    • 卵巢癌分子亚型异质性的临床价值
    • 基因渗透分析助力解密小麦适应性进化方式
    • 通过 COSMIC 数据库检测融合突变
    • 探讨CAVIN1的表达及其作为GBM预后标志物的价值
  • 第10期
    • 基因组注释：我们仍然很难做到完美注释
    • 别以为你稳了！不在参考基因组中的基因同样可能非常重要
    • 长Read的重复序列的正确定位
    • 一个 miRNA-disease 预测网站
  • 第9期
    • 宏基因组分类器 Kraken 的进化版: KrakenUniq
    • 结合研究热点讲解水稻的进化历史
    • RNA-seq 的预处理一条龙工具
    • 超高速细菌、病毒基因组的序列搜索方法
  • 第8期
    • alignment-free (AF) 相关工具介绍
    • bam 文件回滚工具介绍
    • 反义 lncRNA 转录可以影响DNA甲基化
    • 一套分析 exRNA 的完整方案
  • 第7期
    • 联合同源推断和SVM获得蛋白质的亚核定位
    • 可快速部署的宏基因组注释流程
    • TransLiG：一个高性能的RNA-seq de novo软件
    • 一文带你了解DNA40年来的发展历史
  • 第6期
    • 真菌基因组完整性的评估工具
    • 宏基因组入门必读
    • 等多组学研究开心果
    • 植物假基因进化起源与调控功能
    • 大型动物miRNA数据集比较流程
  • 第5期
    • 一文带你了解人类基因组中主要的结构变异
    • 增强子等顺式调控元件的预测结果的评估流程
    • 一种用于宏基因组物种注释及定量的新方法
    • 无门槛细菌基因组分析流程TORMES介绍
    • 通过相似性融合的方法预测疾病之间的关系
    • 难得一篇植物DNA甲基化分析方法综述
  • 第4期
    • NITPicker工具判断特定的时间点取样、测定
    • epic2对MACS2的补充，关于ChIP-seq的peaks
    • 结直肠癌8个国家地区人群的粪便宏基因组数据
    • 植物和动物中由CNV引起导致的驯化相关的表型特征
    • 单个遗传性肺癌患者多位点WGS数据
  • 第3期
    • 肿瘤特异性突变肽（新抗原）相关插入和缺失（indels）
    • 有监督隐马尔科夫模型来预测哺乳类动物的基因组增强子
    • 大麦的泛基因组、泛转录组(包含了该物种的所有基因)
    • 人肠道菌群基因组的类结构变异（SV）
    • alignment-free RNA-seq quantifications 结果进行差异分析
  • 第2期
    • 泛基因组入门的读物
    • hg19和hg38究竟在后续的比对及SNV分析中有哪些差异
    • 算法DisDrugPred用于药物的重定位，建立起药物和疾病的新关系
    • 甲基化分析工具 RnBeads 在 bioconductor 上更新了其2.0版本
    • 基于 streaming k-mer 的范围相似性来创建微生物组草图来实现微生物组测序数据的降维
  • 第1期
    • 利用TCGA数据库中的DNA甲基化数据来灌水
    • 用于计算细胞间相似度的开源软件CellSim
    • 优化的多线程 RNA-seq 数据分析流程
    • 总结了目前比较流行的建立泛基因组和探索PAVs的方法
    • 二代测序工作流程中的潜在错误来源，包括样品处理，文库制备，PCR富集和测序等步骤。
    • 工具 MetaCHIP （“Meta”指“metagenomics”，“CHIP”指“Community-level HGT Identification Pipeline”）

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