做单细胞相关教程三年多了，也顺便开了一个《单细胞天地》的公众号，但是到后期，就感觉一直是在“炒冷饭”。翻来覆去就一直是单细胞基础10讲相关内容而已：
- 01. 上游分析流程
- 02.课题多少个样品，测序数据量如何
- 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
- 04. 过滤线粒体核糖体基因
- 05. 去除细胞效应和基因效应
- 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群
- 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释
- 08.把拿到的亚群进行更细致的分群
- 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较
还有一些个性化汇总。
我也很无奈，其实大家在自己的单细胞数据分析课题遇到的问题，本质上是基础知识的不够扎实。再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：
把R的知识点路线图搞定，如下：
- 了解常量和变量概念
- 加减乘除等运算（计算器）
- 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
- 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
- 文件读取和写出
- 简单统计可视化
- 无限量函数学习
Linux的6个阶段也跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习：
- 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面，可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。
- 第2阶段：做到文本文件的表格化处理，类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余、查找、切割、替换、合并、补齐，熟练掌握awk、sed、grep这文本处理的三驾马车。
- 第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不再神秘！
- 第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量。
- 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手。
- 第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。
最近在回答粉丝问题的时候，无意中搜索到了一个公众号：《生信会客厅》，我觉得他的教程很对我胃口，值得推荐一下，仅仅是看标题你就会喜欢：
单细胞转录组基础分析
单细胞转录组进阶分析
文末友情推荐
要想真正入门生物信息学建议务必购买全套书籍，一点一滴攻克计算机基础知识，书单在：什么，生信入门全套书籍仅需160 。
如果大家没有时间自行慢慢摸索着学习，可以考虑我们生信技能树官方举办的学习班：
- 数据挖掘学习班第7期（线上直播3周，马拉松式陪伴，带你入门），原价4800的数据挖掘全套课程， 疫情期间半价即可抢购。
- 生信爆款入门-第9期（线上直播4周，马拉松式陪伴，带你入门），原价9600的生信入门全套课程，疫情期间3.3折即可抢购。
如果你课题涉及到转录组，欢迎添加一对一客服：详见：你还在花三五万做一个单细胞转录组吗？
号外：生信技能树知识整理实习生招募，长期招募，也可以简单参与软件测评笔记撰写，开启你的分享人生！另外，：绝大部分生信技能树粉丝都没有机会加我微信，已经多次满了5000好友，所以我开通了一个微信好友，前100名添加我，仅需150元即可，3折优惠期机会不容错过哈。我的微信小号二维码在：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》