一般来说,想挖掘GEO数据库的公共数据集,最后发表时候都要引用该数据集的原始文献。一个GSE数据集会关联到一个原始文献,比如:
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE90604
可以看到其关联的文章是:Simultaneous miRNA and mRNA transcriptome profiling of glioblastoma samples reveals a novel set of OncomiR candidates and their target genes. Brain Res 2018 Dec 1;1700:199-210. PMID: 30176243
甚至一个GSE数据集关联更多文献,如果这个数据集被挖掘过。比如:
-
当然,并不是说这个GEO数据集被多次挖掘,就一定要关联到多个文章,比如:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE4107 它其实至少被挖掘了五次。
更严重的是有些时候,你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处。比如: - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE104267
如下所示:
其实可以,根据作者单位,上面写的是: 顾建钦. Jianqin Gu. 河南省人民医院. Henan Provincial People ‘s Hospital
或者搜索 邮箱;dangyuan830307@hotmail.com 多次反复搜索,查到了对应的真实作者: Dang, Yuan dangyuan830307@hotmail.com - World J Surg Oncol. 2015 Oct 1 Expression and clinical significance of long non-coding RNA HNF1A-AS1 in human gastric cancer.
- World J Surg Oncol. 2018 Mar Evaluation of the expression and clinical value of lncRNA AC010761.9 in human gastric adenocarcinoma.
其实上面我举例的那个,最开始也是没有关联文献的,我当时是谷歌搜索:Sukru Gulluoglu Yeditepe University - https://www.researchgate.net/profile/Sukru_Gulluoglu
- https://sg.linkedin.com/in/sukru-gulluoglu-42576827
- https://scholar.google.com.tr/citations?hl=en&user=COkIAXYAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
甚至还能查到作者的其它数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE88721
我们感兴趣的数据集相关文章应该是:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006899318304578?via%3Dihub 作者的差异分析结果是:1332 genes and 319 miRNAs were found to be dysregulated by the microarrays. 正文清清楚楚的提到了:GEO Series accession number GSE90604 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE90604).
然后我联系了GEO官方,把这个文献关联上去了这个数据集页面。
嘻嘻,如果你在挖掘GEO数据集的同时,也发现了那些并没有关联到原始文献的,而且你成功找到了就通知一下GEO官方哈。文末友情推荐
要想真正入门生物信息学建议务必购买全套书籍,一点一滴攻克计算机基础知识,书单在:什么,生信入门全套书籍仅需160 。
如果大家没有时间自行慢慢摸索着学习,可以考虑我们生信技能树官方举办的学习班: - 数据挖掘学习班第7期(线上直播3周,马拉松式陪伴,带你入门),原价4800的数据挖掘全套课程, 疫情期间半价即可抢购。
- 生信爆款入门-第9期(线上直播4周,马拉松式陪伴,带你入门),原价9600的生信入门全套课程,疫情期间3.3折即可抢购。
如果你课题涉及到转录组,欢迎添加一对一客服:详见:你还在花三五万做一个单细胞转录组吗?
号外:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生!另外,:绝大部分生信技能树粉丝都没有机会加我微信,已经多次满了5000好友,所以我开通了一个微信好友,前100名添加我,仅需150元即可,3折优惠期机会不容错过哈。我的微信小号二维码在:0元,10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》