最适合ChIP-seq实战的文献推荐

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我有一个 免费视频课程《ChIP-seq数据分析》 ，其视频观看方式：

  • 首先视频免费共享在B站：https://www.bilibili.com/video/BV16s411T7Fh
  • 同步查看视频配套代码 ：https://www.jianshu.com/p/1384173c353b
  • ChIP-SEQ实战演练的素材：链接：https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码：ju3rrh， 包括一些公司PPT，综述以及文献
  • ChIP-SEQ 实战演练的思维导图：文档链接：https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码：wk29

    但是呢，里面关于文献测序数据那一块其实是过气了，因为sra-tools的prefetch下载方式并不适合中国大陆的用户，简单的参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置，其实就可以解决数据下载的问题啦。
    数据下载仅仅是一个开始，后续的流程化分析才是大戏，也有很多粉丝follow了我们的教程完成了系列图表最后仍然是云里雾里。其实是因为文献看得不够多，并不理解这个测序技术的来龙去脉以及它的花式应用。而且我们的视频课程因为时间关系，仅仅是给大家一个最简单的例子啦，我最近梳理文献发现了一个更好的，甚至可以说是最适合ChIP-seq实战的文献推荐。
    那就是发表在 Genome Res . 2018 Feb; 的文章：Enhancer transcription reveals subtype-specific gene expression programs controlling breast cancer pathogenesis
    image-20201128170830712
    数据都是公开的，在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE85158
  • 涉及到13个细胞系：76NF2V, MCF10A, MCF7, ZR751, MB361, UACC812, SKBR3, AU565, HCC1954, MB231, MB436, MB468, and HCC1937 cells.
  • 有11种组蛋白修饰： H3K4me1, H3K4me3, H3K27me3, H3K36me3, H3K9me3, H3K9ac, H3K79me2, H3K27ac, H2BK120ub1, H3K23ac, and H4K8ac
    文章的落脚点是：enhancer identification pipeline
    不过，你跟着我流程可以拿到全部的ChIP-seq样品的bw文件，然后载入IGV后作出上面的(B)
  • Genome browser views of GRO-seq and histone modification ChIP-seq data from a normal breast epithelial cell line (76N-F2V) showing the features of a typical bidirectionally transcribed enhancer (red box with dashed line) and its nearest neighboring gene (SIRPA).
  • Key features include transcription (red/blue), as well as histone modifications typically enriched at enhancers (green), promoters (brown), gene bodies (purple), and repressed chromatin (turquoise).
    起码可以马上理解信号值的概念了！
    还跟转录水平的数据相互验证：GRO-seq and RNA-seq

    作为学徒作业

    这个作业起点有一点高，首先你得有自己的服务器了，然后才有可能下载这两百多个ChIP-seq样品的测序数据走完我给出来的流程，得到全部的bw文件，然后载入IGV后作出上面的图！

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