cytof数据资源介绍

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在单细胞大行其道的如今，也有不少课题组选择做cytof数据，全称是： Cytometry + Time Of Flight，是Fluidigm公司的产品，可以检测单个细胞的多个设定好的抗体的信号强度，这些抗体 对应的基因通常是目前科研界认识比较清晰的，可以用来分群的，而且该仪器可以一次性检测数十万单细胞，有点类似于靶向单细胞转录组测序。因为很多情况下，并不需要全部的基因的转录水平的信息。

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比如发表在nature medicine杂志的文章《Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma》：

  • 链接是：https://www.nature.com/articles/s41591-019-0694-x
    它的 Data availability 部分就清晰地列出来了cytof数据和单细胞转录组数据存放的地方：
  • CyTOF data (Figs. 1, 2a,b, 3c–g and 4c,d) have been deposited with the FlowRepository (FR-FCM-Z2B3).
  • scRNA-seq data (Figs. 2c–e and 3a) have been deposited with the Sequence Read Archive with accession number PRJNA588461.
    根据链接 http://flowrepository.org/id/FR-FCM-Z2B3 ，可见：
    数据库一览
    下载链接很容易看到，进入后：

    File Size MD5sum Type
NSCLC_1858_Raw.FCS 51.3 MB 87ee61bc46 ... FCS 3.0
NSCLC_1869_Raw.FCS 24.7 MB 1d39828846 ... FCS 3.0
NSCLC_1892_Raw.FCS 158.5 MB 329f7e9741 ... FCS 3.0
NSCLC_1896_Raw.FCS 12.4 MB 364dc10355 ... FCS 3.0
NSCLC_1903_Raw.FCS 28.4 MB 56d6a7ffa0 ... FCS 3.0
NSCLC_1869_Intact singlets_CD45+.FCS 677.3 KB 0f2de1d375 ... FCS 3.0
NSCLC_1883_Intact singlets_CD45+.FCS 131.4 KB e393ae50b8 ... FCS 3.0
NSCLC_1883_Raw.FCS 23.3 MB 4ad38ff2ed ... FCS 3.0

    可以看到，作者上传的都是FCS文件。这篇文章全部的数据都上传了：we applied mass cytometry (CyTOF) to profile immune cell subsets in 85 patients with five different tumor types:

  • NSCLC (n = 15);
  • RCC (n = 25);
  • microsatellite instability-stable colorectal cancer (CRC; n = 11),
  • prostate cancer (PCa; n = 21);
  • as well as glioblastoma multiforme (GBM; n = 13)
    原则上，我们下载这些FCS文件，大约300多M，可以走我们生信技能树的cytof数据处理系列教程，得到同样的图表：
    聚类分群

    流式细胞术数据文件标准，FCS文件类型

    流式细胞术数据文件标准于1984年发布，以促进流式细胞术数据分析软件与在不同类型的流式细胞术仪器上获取的数据的互操作性。
    该标准在1990年修订为FCS 2.0，在1997年修订为FCS 3.0，在2010年修订为FCS 3.1。
    2020年9月3日Spidlen J等人在Cytometry A杂志上提出了FCS 3.2，该修订版满足了一些新需求和建议，并结合了十年来整个细胞仪领域的进步。
    FCS 3.2规范完整版可以下载http://flowcyt.sf.net/fcs/fcs32.pdf

    关于 FlowRepository 数据库

    流式细胞术（ FCM）系统被研究者应用已超过 30 年，并且这一领域仍在继续高速发展。通过高通量的方式表征单细胞的表型和功能，MIFlowCyt，全称是Minimum Information of Flow cytometry， 译做基本信息，是现在向流式专业杂志投稿所必须提供的信息，MIFlowCyt标准包括描述 FCM 实验所涉及样本和试剂的建议，进行分析所用仪器的配置和用以解读原始输出数据的数据处理方法。所以了解这方面的内容是必需的。
    2012年CYTO年会上的PPT （http://flowrepository.org/images/pdf/FlowRepository_Workshop_CYTO2012.pdf），非常详细地一步一步指导您使用http://flowrepository.org/ 保存您文章配套的流式数据文件和各类实验样本、仪器等信息，以辅助文章的发表和数据真实性的审核。

    交流群

    见：cytof数据资源介绍（文末有交流群）

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