看到于2020年11月发表在杂志《nature cancer》的文章：《Mutations in BRCA1 and BRCA2 differentially affect the tumor microenvironment and response to checkpoint blockade immunotherapy》里面有全基因组测序数据，文献链接是：https://www.nature.com/articles/s43018-020-00139-8

全基因组测序数据可以下载

7个WGS数据，怎么着也得人民币5万块钱！数据在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA632854 ：

可以看到，我们能够下载这些数据，然后进行二次分析的！作为一个学徒作业吧，大家下载这些数据，走流程拿到snv和indel的vcf文件！​

全基因组测序数据处理

文献的描述如下；

涉及到的软件如下：

• DNA was extracted and sequenced at 74–106× (median 80×) coverage.
• FASTQ files were aligned to MM10 mouse reference with bwamem v.0.7.15.
• Somatic mutations were called with VarScan v.2.4.3, Strelka v.2.9.10, Platypus 0.8.1, Mutect2 (part of GATK 4.1.4.1) and SomaticSniper 1.0.5.0 (for SNVs only).
• DNA from a 4T1 parental single-cell clone at time 0 was used as normal.
  这些软件大多都有教程及文档，大家可以去《生信技能树》学习它们。我在B站分享了 免费视频课程《WES数据分析》
• 视频免费在B站：https://www.bilibili.com/video/BV15s411P7ay 大家学习的时候记得发弹幕交流哈
• 同步查看视频配套代码：https://www.jianshu.com/p/49d035b121b8
• WES 实战演练的素材：链接：https://share.weiyun.com/56MQHYG 密码：8jxwba 包括一些公司PPT，综述以及文献。
• WES 实战演练的思维导图：文档链接：https://mubu.com/doc/1iDucLlG5g 密码：7uch
  

  拿到变异文件后

  文献里面的关于变异文件的数据分析超级简陋，仅仅是看了看数量：
  
  这个其实都不需要他们做小鼠数据的，因为TCGA数据库里面本来就是有BRCA1突变的人类和BRCA2突变的，也可以进行比较。
  另外一个关于这些变异位点图表，也仅仅是超级简单，仅仅是看indel的长度
  

  关于变异分类

  主要可分为单个碱基对的变异（SNVs/SNPs）、小的插入或缺失（InDels≤50bp）以及结构变异(SVs>50bp)。 这里我直接摘抄：基因组变异类型详解及区分吧，免得浪费时间自己去整理了。

  No.1 | 单个碱基对的变异

  SNPs 与 SNVs，二者都是单核苷酸的改变，如果细究起来，还是有些区别的。SNPs一般是针对“群体”而言，且在群体中占据一定比例（well characterized），而SNVs一般是针对“个体”而言，发生频率非常低，不常见 (not well characterized)。

• 单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs），单个核苷酸碱基的改变，包括置换、颠换、缺失和插入，导致的核酸序列的多态性，是人类最常见的遗传变异类型。由于具有遗传稳定性强、数量多、分布广等特点，SNP被广泛应用于群体遗传学以及疾病相关基因定位等研究中。
• 单核苷酸变异（Single Nucleotide Variants，SNVs）是DNA序列中单一核苷酸的变异。有单位点核苷置换，单位点核苷缺失，单位点核苷插入三种常见模式。其中置换模式为基因组上某一单位点核苷变异成另一核苷，缺失模式为基因组上某一位点的核苷缺失，插入模式为基因组上某一单位点核苷重复表达。
  

  No.2 | 小的插入或缺失

  插入和缺失( insertion-deletion，InDel)，指的是在基因组的某个位置上所发生的小片段序列的插入或者缺失，其长度通常在50bp以下。与SNP不同的是，它并不是单个碱基的变化，而是在基因组中发生不同大小的DNA片段的插入或者缺失。它在基因组中的分布频率也是仅次于SNP，且很多都发生在基因内部甚至是外显子区域、启动子区域等重要位置。这种变异往往能够引起基因功能产生重大变化，同时InDel也是非常重要的一种基因组结构变异。

  No.3 | 结构变异

  结构变异（Structural Variation，SV）这种类型比较多，根据结构变异的不同类型，结构变异可以进一步分为50bp以上的长片段序列插入(Insertion) 、缺失(Deletion)、反转(Inversion)、染色体内易位(Intra-chromosomal Translocation)、染色体间易位 (Inter-chromosomal Translocation)、拷贝数变异(Copy Number Variation)以及一些形式更为复杂的变异。