本来呢，这应该是一个教程，但最近是过年休假期间，我也不能无限制的回答粉丝提问，所以借《生信技能树》的便利给他发一个有偿求图的的宣传：
他出价200
但好像是还可以加价？
甲基化芯片数据处理我是有视频课程的
首先需要阅读我在生信技能树的甲基化系列教程，目录如下：
- 01-甲基化的一些基础知识.pdf
- 02-甲基化芯片的一般分析流程.pdf
- 03-甲基化芯片数据下载的多种技巧.pdf
- 04-甲基化芯片数据下载如何读入到R里面.pdf
- 05-甲基化芯片数据的一些质控指标.pdf
- 06-甲基化信号值矩阵差异分析哪家强.pdf
- 07-甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码.pdf （微信交流群在这里）
- 08-TCGA数据库的各个癌症甲基化芯片数据重新分析.pdf
- 09-TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析.pdf
- 10-TCGA数据辅助甲基化区域的功能研究.pdf
- 11-按基因在染色体上的顺序画差异甲基化热图.pdf
- 850K甲基化芯片数据的分析.pdf
- 使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域.pdf
然后就可以看我在B站免费分享的视频课程《甲基化芯片（450K或者850K）数据处理 》
其实上面的图对我来说很简单
这个850K甲基化芯片的TSS附近信号值曲线绘制，如果确实是我自己需要做，十几分钟吧，因为有ngsplot这样的现成的工具。其实他还问了很多：
这个是芯片的探针在基因组上面的结构图，trackViewer整合了Gviz，可以做。
还有各式各样的下游分析细化的图表：
这样的图表比CNS文章还多，我不可能为每一个图表弄一个系列课程， 我十辈子也弄不完啊！B站免费NGS数据处理视频课程目前就 下面这些：
- 免费视频课程《RNA-seq数据分析》
- 免费视频课程《WES数据分析》
- 免费视频课程《ChIP-seq数据分析》
- 免费视频课程《ATAC-seq数据分析》
- 免费视频课程《TCGA数据库分析实战》
- 免费视频课程《甲基化芯片数据分析》
- 免费视频课程《影像组学教学》
- 免费视频课程《LncRNA-seq数据》
- 免费视频课程《GEO数据挖掘》
- 肿瘤基因测序
其实一切难点都是源于基础知识的不扎实，再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：
把R的知识点路线图搞定，如下：
- 了解常量和变量概念
- 加减乘除等运算（计算器）
- 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
- 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
- 文件读取和写出
- 简单统计可视化
- 无限量函数学习
Linux的6个阶段也跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习：
- 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面，可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。
- 第2阶段：做到文本文件的表格化处理，类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余，查找，切割，替换，合并，补齐，熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。
- 第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不再神秘！
- 第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量。
- 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手。
- 第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。
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