T细胞可以简单分成4类

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最近在《生信技能树》公众号后台接到了求助，说他的肿瘤单细胞划分亚群的时候对T细胞的细分亚群把握不好，有超级简单的，也有非常复杂的，对于这样的求助，我也爱莫能助啊！
我就把他的求助分享给大家吧，看看咱们《生信技能树》公众号众多粉丝能否给出一些比较有实践意义的建议！因为普通的降维聚类分群已经是没有悬念了，参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ，第一次分群就非常漂亮！我们就直奔主题，看T细胞的细分亚群！
首先，他看到了T细胞可以简单分成4类，发表该研究文章的杂志名字很长，Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology ( IF 7.076 ) ，2021-02-02 , DOI: 10.1016/j.jcmgh.2021.01.020 ，文章名字是：《Identification of Novel Population-Specific Cell Subsets in Chinese Ulcerative Colitis Patients Using Single-Cell RNA Sequencing》
如下所示：

  • naive T cells,
  • memory T cells,
  • CD8+ T cell/natural killer cell,
  • CD8+ T cell
    如下所示：
    image-20210401122820320
    具体看一下标记基因：
    image-20210401123003775
    可以看到naive 和 memory 的T 细胞，都是CD4阳性而且是CD8阴性的，它们的区分主要是在CCR7和TCF7这两个基因。
    而CD8+ T cell可以根据GZMK基因的表达来划分为NK细胞和普通的CD8+ T cell。

    如果使用singleR的HPCA (Human Primary Cell Atlas)数据库

    如下所示：
    image-20210401123141322
    可以看到仍然是主要咦以CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 两个大类，然后可以参考综述《Unravelling the heterogeneity and dynamic relationships of tumor‐infiltrating T cells by single‐cell RNA sequencing analysis》，对肿瘤免疫浸润T细胞的整理很全面，值得推荐：

  • First published: 09 April 2020， https://doi.org/10.1002/JLB.6MR0320-234R
    比较详尽的阐述了 CD4+以及CD8+ T cells 的各个亚群的分化关系，如下所示：
    image-20210401215845931
    确实是太复杂了！

    如果使用singleR的Encode Blueprint reference database.

    如下所示：
    image-20210401123231668
    稍微简单了一点，主要是tcm和tem，而且是在CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 里面都可以分成这两类！
    那么问题来了，tcm和tem是细胞的不同状态呢，还是细胞类型？CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 凭什么就是不同的细胞类型，而不是细胞状态的差异而已？

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