肿瘤相关基因

看到一个数据库,其链接是;http://www.binfo.ncku.edu.tw/TAG/GeneDoc.php
之所以突然间想整理这方面知识点,就是看到这个数据库提到了: At current stage, 662 TAGs including 246 oncogenes, 265 tumor suppressor genes, and 151 genes related to oncogenesis were collected. 除了我们熟知的原癌基因和抑癌基因之外,还有一个癌症形成相关基因。虽然这个数据库已经是 Bioinformatics 2013 文章。
其实最全的是应该是:OncoKB, a comprehensive and curated precision oncology knowledge base, offers oncologists detailed, evidence-based information ,链接是:https://www.oncokb.org/cancerGenes OncoKB Cancer Gene List (1064 genes, last update 03/12/2021)
很多NGS队列文章,最后都会使用原癌基因和抑癌基因信息, 比如2019发表在cancer cell杂志的文章:《Genomic and Transcriptomic Landscape of Triple- Negative Breast Cancers: Subtypes and Treatment Strategies》在展现拷贝数变化情况的时候,就专门拿出来了原癌基因和抑癌基因进行可视化如下:
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原癌基因

NCG是一个肿瘤驱动基因的数据库,目前最新版本为v6.0, 网址如下

http://ncg.kcl.ac.uk/index.php
共收录了2372个驱动基因,分成以下两个部分

  1. 711 Known cancer genes
  2. 1661 Candidate cancer genes

    抑癌基因

    抑癌基因,tumor suppressor gene,简称TSG , 具有潜在抑癌作用的基因,通常它的缺失会导致癌症。
    TSGene是一个从文献中收集整理的抑癌基因数据库,文章发表在Nucleic Acids Research,链接如下
    https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D970/1074154
    数据库的网址如下
    https://bioinfo.uth.edu/TSGene/
    最新版本为v2.0版本, 1217 human TSGs (1018 protein-coding and 199 non-coding genes). ,同时对这些基因进行了多种注释,包括表达量,突变位点,蛋白相互作用等注释信息。

    癌症形成相关基因

    我看到了2018的文献:《CIGene: a literature-based online resource for cancer initiation genes》,链接是:https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4944-y
    结论是:Subsequent cross-referencing of known tumor suppressor genes and oncogenes against the 177 CIGs identified 96 and 81 CIGs with and without known oncogenic roles, respectively.
    这些基因列表在:http://soft.bioinfo-minzhao.org/cigene/

    学徒专业

    还有其它癌症相关基因,比如癌症转移相关基因?学徒作业就是自己整理一下相关知识点

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