找不到ID就怀疑人家造假这样不好啊

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看到我最近在报道一些生物信息学数据分析的吐槽点，见：

  • 转录组数据挑选下游基因能不能不要这么随便啊
    感兴趣的粉丝超级多，也有一些朋友想贡献自己的一份力量，一起来吐槽看到的一些无厘头的生物信息学数据分析。
    其中一个粉丝想吐槽他最近看到的一篇自己研究领域的文章： Resveratrol improves high-fat diet-induced insulin resistance in mice by downregulating the lncRNA NONMMUT008655.2. Am J Transl Res 2020;12(1):1-18. PMID: 32051733，因为该文章里面提到了一个基因超级重要，就是 lncRNA NONMMUT008655.2，但是搜索全网，各种数据库，根本就是没有这个 lncRNA NONMMUT008655.2的ID啊！
    我也帮忙搜索了，看起来是《普瑞文献 | 河北医科大学》合作RNA测序，杂志是 American Journal of Translational Research，作者单位：河北医科大学，影响因子：3.266，这个研究的介绍如下：

    研究内容：白藜芦醇（RSV）作为糖尿病治疗领域的重要角色，近年来受到广泛关注。但是目前还尚不清楚它是否可以通过调节长链非编码RNA（lncRNA）来改善胰岛素抗性。这项研究的通过lncRNA测序确定目标lncRNA NONMMUT008655.2，探究RSV是否可以通过在体内和体外调节NONMMUT008655.2来改善小鼠高脂饮食诱导的胰岛素抗性。实验采用动物模型及细胞模型进行。C57BL / 6J小鼠喂食高脂饮食（HFD），并给予RSV八周。棕榈酸处理小鼠Hepa细胞，用siRNA NONMMUT008655.2转染，并用RSV处理。然后将处理的小鼠和细胞与未暴露于RSV的正常对照进行比较。在动物模型中，发现RSV可以降低空腹血糖、甘油三酸酯低密度脂蛋白胆固醇的水平、胰岛素指数，同时增加胰岛素敏感性指数。
    仔细看了看文章，确实是Illumina NovaSeq 6000 (Mus musculus) ，是lncRNA测序，既然是测序，那么就会涉及到lncRNA组装流程，就可以自己对拿到的不同转录本进行ID命名。
    而且，就算是粉丝自己无法搜索到，也不能代表人家就有问题，因为有可能是粉丝自己的知识水平不够。我看了看文章写得是：lncRNA and mRNA were obtained from authoritative databases, lncRNA included RefSeq, Ensembls and Genebank, and mRNA included Noncode and Ensembls. （确实有点怪异哦，其实lncRNA 才应该是来源于Noncode 数据库哈）

    测序数据公开可以下载

  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSe137840
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP222955
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA573644
    一个测序数据，发两个文章，还是非常的经济实惠哦！
  • Shu L, Hou G, Zhao H, Huang W et al. Resveratrol improves high-fat diet-induced insulin resistance in mice by downregulating the lncRNA NONMMUT008655.2. Am J Transl Res 2020;12(1):1-18. PMID: 32051733
  • Shu L, Hou G, Zhao H, Huang W et al. Long non-coding RNA expression profiling following treatment with resveratrol to improve insulin resistance. Mol Med Rep 2020 Aug;22(2):1303-1316. PMID: 32627012

    学徒任务

    拿到这个文章的测序数据，走我授课的lncRNA组装流程，跟文章对比看看差异情况是否在可接受范围内：

  • LncRNA教学视频免费在B站：https://www.bilibili.com/video/BV1Zg4y187ff
  • 思维导图：https://mubu.com/doc/ISk-Ev1tg
  • 配套资源合辑：https://share.weiyun.com/5hWYL1b
    另外，阅读这个测序数据的两个文献，写文献汇报PPT给我！
    如果时间足够，顺便做一下差异分析也是极好的：
    差异分析的热图
    蛮有意思的哦！
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