看到一个临床wgs应用的文献速递,《Genome Sequencing as an Alternative to Cytogenetic Analysis in Myeloid Cancers》,链接是:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33704937/
因为自己并不在校园网范围,所以简单尝试了sci-hub相关的渠道,均失败了。
但是我留意到了一个 Chinese Translation 中文翻译 :
[March 11, 2021](https://www.nejm.org/toc/nejm/384/10?query=article_issue_link)
N Engl J Med 2021; 384:924-935
DOI: 10.1056/NEJMoa2024534
[Chinese Translation 中文翻译](https://nejmqianyan.cn/article/YXQYoa2024534?sg=AbW1NGsHw3NxPd6F)
先不说其中文翻译质量如何,毕竟是极大的方便了读者:
而且还有APP推送 !
不过,其实这样的文章技术细节等重点在附表和附图!
比如他们会根据病人的WGS数据,来出一个报告!
文献的 Chinese Translation 中文翻译 介绍的很清楚,在临床上面实施全基因组测序的另外一个(重大)障碍是费用:
与技术人力是主要成本的其他临床检测不同,全基因组测序的成本几乎完全由测序本身产生。因此,测序价格的持续下降25目前已使该方法的成本与现有检测平台的成本相似,估计每例患者的检测费用在1,000美元至2,000美元26(费用比较的详细信息见补充附录)。采用本文所述方法进行全基因组测序时,根据产生10亿个碱基对序列数据约需11美元的目录价,目前试剂、技术劳动力和分析的成本约为1,900美元。在测序成本较低的大批量实验室(约7美元/Gbp)25,成本约为1,300美元。
数据分析基本上都是流程化了,我也有一些课程:
- WES 实战演练B站视频地址:https://www.bilibili.com/video/BV15s411P7ay
- 肿瘤基因测序数据分析 B站学习链接 是:https://www.bilibili.com/video/BV1Sy4y1S7pz/
但是流程化的东西,缺一些灵气,数据分析并不复杂,但是结果的临床解读就耗费心力。任重而道远啊!