你的单细胞数据里面能区分出来4种树突细胞吗

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我们做肿瘤研究的单细胞数据，一般来说会选择初步很粗狂的定义大的细胞亚群，比如我常用的 第一次分群是通用规则是：

  • immune (CD45+,PTPRC),
  • epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM),
  • stromal (CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo)
    然后绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。 说起来很简单，但是实际上每次做到单细胞数据集的细分亚群就非常的头疼，尤其是myeloid的髓系，（单核，树突，巨噬，粒细胞）有时候根本就分不清楚，而且分完之后仍然是可以继续细分。
    比如我看到2020的文章：《Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Dynamic Stromal Niche That Supports Tumor Growth》，链接是：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124720305817
    主要是 plasmacytoid DCs (pDCs), and conventional DCs (cDCs),以及 migratory DCs (migDCs)这4种树突细胞，各自的标记基因是：
  • pDCs, Bst2, Siglech;
  • cDCs, Itgax (Cd11c)
    • Cd11c, Clec9a, Baft3 (cDC1),
    • Cd11b, Fcgr1, and Sirpa (cDC2)
  • DC transcription factors Zbtb46, Baft3, Flt3, and Id2. Ccr7; (migDCs)
    它们需要跟 Macrophages/Monocytes/Neutrophils , Itgam (Cd11b); Adgre1(F4/80); Fcgr1; Ly6c; Ly6g, NK Ncr1; 髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞） 区分开来 ：
    image-20210530205540343
    cDC1 cells in the tumor expressed the dermal marker Cd103 (Itgae), whereas their LN counterparts expressed Cd8a, a marker of LN resident populations, indicating that these cells did not migrate from the tumor
    可以看到这4个亚群，在肿瘤里面和淋巴结以及正常血液仍然是有不一样的地方。而且的话，上面的不同细胞亚群的标记基因是小鼠的，如果是人类数据，又稍微有点不一样哦！

    你以为4种就结束了吗？

    2021，一篇刊登在国际杂志Science Signaling上题为“Select hyperactivating NLRP3 ligands enhance the TH1- and TH17-inducing potential of human type 2 conventional dendritic cells”的研究报告中，来自埃尔朗根-纽伦堡大学等机构的科学家们通过研究发现了一种新型的树突细胞亚群。他们揭示了为何一类树突细胞特殊亚群在抗原呈递后不会发生死亡，而且该亚群还能继续刺激机体部分免疫细胞来帮助抵御入侵的病毒、细菌或潜在的致死性肿瘤细胞。
    文章中，研究人员将所发现的树突细胞新亚型命名为人类2型常规树突状细胞。
    原始出处：
    Lukas Hatscher, Christian H. K. Lehmann, Ariawan Purbojo, et al. Select hyperactivating NLRP3 ligands enhance the TH1- and TH17-inducing potential of human type 2 conventional dendritic cells, Science Signaling (2021) DOI: 10.1126/scisignal.abe175

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