- 蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。
一般会首先使用Sting数据库制作PPI网络。String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库，该数据库可应用于五千多个个物种，包含两千四百万种蛋白的，大于2000万种蛋白质之间的相互作用连接。
它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。网址：https://string-db.org/
而实验数据主要可分为单对单以及单对多两大类。
- 单对单类技术例如酵母双杂交系统 （Yeast two-hybrid） 可以测试成对的蛋白质互作，但提高其图谱规模则需要耗费时间来进行大量的平行试验。
- 单对多类技术例如亲和沉淀-质谱法 (AP-MS) 可对特定饵蛋白进行筛选从而得到与其相关的蛋白质互作，但对饵蛋白的筛选则给其最后揭示的蛋白质互作图谱附加了局限性。
但是，最近（2021年8月3日），一个全新的技术“PROPER-seq蛋白质互作测序技术”，横空出世，见 Molecular Cell | 钟声团队大作。目前他们团队基于对人胚肾细胞系，人类T细胞系和人脐静脉血管内皮细胞系所进行的PROPER-seq实验，研究团队创建了名为PROPER v.1.0的人类蛋白质互作图谱数据库。该数据库包含了由8635个蛋白质所组成的210518对人类蛋白质互作。发表这个技术的文章是：《：Revealing protein-protein interactions at the transcriptomic scale by sequencing》，于2021年8月。 参考：https://mp.weixin.qq.com/s/-zlL9OeUWctcY2PYODYtpg
而且呢，2021年7月22日，不列颠哥伦比亚大学Michael Smith实验室等在Cell杂志上合作发表了题为An atlas of protein-protein interactions across mouse tissues的文章，文章中提出了一种新的定量蛋白质组学方法——将蛋白质相关性分析与哺乳动物的稳定同位素标记技术相结合(PCP-SILAM)，绘制出七种小鼠组织的蛋白质相互作用组图谱，揭示了超过125000个独特的相互作用。参考：https://mp.weixin.qq.com/s/udYVU49l5wiow7eAYNlZwg
我们有理由相信，这些全新技术的提出，能有利的帮助大家对蛋白质互作关系的认识。当然了，如果要更快的走入大多数科研工作者生活，就需要有足够好用的网页工具。