不知道有多少朋友还记得我们两年前（2019年底）的单细胞数据分析报价：[单细胞转录组数据分析大放价 （疫情期间不打烊）](https://mp.weixin.qq.com/s/r1nyWDlNFM69OK0FZIFHvw)，底裤价 2000人民币 一个10X的单细胞转录组样本数据分析。是当时的最低价，有意思的是两年过去了依然是目前各大科研服务公司的常规价格！
超值的分析内容
目录如下：
1.Cellrange标准分析
- 各个样本测序数据基本质控（reads数、测序饱和度等）、
- 数据比对（细胞数目统计、reads基因组比对率等）、基因表达定量
因为10X原始数据较大，所以需要硬盘邮寄，主要是给你跑我们以前在单细胞天地分享过的上游流程， 如下： - 单细胞实战(一)数据下载
- 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项
- 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探
- 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览
- 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果
- 更新版本见：cellranger更新到4啦（全新使用教程）
而且如果你的10X单细胞转录组样本做的比较早，很可能是过时的流程和数据分析方法， 也可以考虑让我们重新分析一遍作为验证。2.单细胞亚群分类
- 首先质控并且PCA降维
- t-sne降维可视化图
- umap降维可视化
- 多种resolution的分群调试
3.亚群差异表达（marker）基因分析
- 亚群marker基因GO功能富集分析
- 亚群marker基因KEGG功能富集分析
- 亚群marker基因疾病富集分析
- 亚群marker基因蛋白互作分析
4.细胞类型注释和定义
- 这个需要你自己对你自己课题组项目的生物学背景理解的辅助
5.单独亚群的细胞拟时间轨迹分析
- 拟时间相关基因分析
- 分化相关基因分析
现在（2021下半年）及以后（直接一折）
一般来说，一个单细胞转录组项目起码有一个对照和处理组，如果是按照转录组实验设计，先看基因表达差异和细胞比例变化，每个分组3个样品是保底。一个项目的6个样品以前收费是1.2万人民币，现在直接一折即可，也就是人民币1200元，涵盖如下所示的分析内容：
- 明码标价之10X转录组原始测序数据的cellranger流程
- 明码标价之单细胞转录组的质控降维聚类分群和生物学注释
也欢迎洽谈各种高级分析
比如：
6.多样本合并分析
- 多样本细胞亚群分类
- t-sne降维可视化图
- umap降维可视化
- 亚群差异表达（marker）基因分析
- 亚群marker基因GO功能富集分析
- 亚群marker基因KEGG功能富集分析
- 细胞类型注释和定义
- 细胞拟时间轨迹分析
- 样本分组比较分析（不同细胞比例差异、特有细胞亚群分析、差异基因分析）
7.其他细化分析：已知标记基因画图展示（热图、小提琴图、散点图）
- 需要客户指定感兴趣的marker基因和通路
转录因子分析和细胞通讯分析
这两个分析目前对计算机资源消耗比较大，所以单项分析起码也需要800元人民币，需要先确定分析步骤再开工！
- 张泽民团队的单细胞研究把T细胞分的如此清楚
- 细胞通讯分析的背景知识
- 构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析）
- 细胞通讯分析结果的解读
- SCENIC转录因子分析结果的解读
- 人人都能学会的单细胞聚类分群注释
- 对单细胞表达矩阵做gsea分析
- 单细胞转录因子分析之SCENIC流程
当然你也可以自己学会
看了那么多教程，却还是没办法动手分析你的10X单细胞转录组数据，你可能需要这个直播课！
这些天在朋友圈看到了超多人转发的菲沙医学10× Genomics单细胞转录组线上培训班，首先其价格超级亲民其次内容设置非常爆满，从前言文献的分享、理论学习到标准分析、个性化分析实操，一个环节都不少，让你学得明白，玩转10× Genomics单细胞转录组，成为10× Genomics单细胞转录组分析小达人。培训课程具体详情如下：
报名方式详见：仅需299的10X单细胞转录组线上进阶培训班火爆来袭转发即赠送5套单细胞数据处理视频和5套代码
视频课程涵盖了 smart-seq2和10x两种主流平台单细胞转录组数据分析技巧，代码涵盖了人和鼠的单个样品或者多个样品联合分析的降维聚类分群技巧！
如果是初学者，强烈建议听完我的5套单细胞数据处理视频，学会我的5套代码。如果你没有时间自己学，也可以一折付费请我们的生信工程师为你服务，你的项目仅仅一折即可，也就是人民币1200元，涵盖如下所示的分析内容： - 明码标价之10X转录组原始测序数据的cellranger流程
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