这个10x单细胞转录组样品数据分析挂在预印本三年了

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看到了一个预印本研究成果，标题很霸气：《Cell atlas of human uterus》，Posted February 19, 2018. 链接是https://www.biorxiv.org/content/10.1101/267849v1

但是，他其实就是单个10x单细胞转录组样品哦，是2735个细胞，分成如下亚群：

  • epithelial cells (11 clusters),
  • stroma cells (6 clusters),
  • endothelial cells (5 clusters),
  • smooth muscle cells (2 clusters),
  • myofibroblasts (2 clusters)
  • immune cells (6 clusters)

因为是三年前的单细胞转录组，所以放cellranger软件的html报告在文章里面也是可以理解：

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目前单细胞是10x的天下，而10x的测序数据，御用软件cellranger其实就是star的包装，关于10X仪器的单细胞转录组数据走cellranger流程，我们在单细胞天地多次分享过流程笔记，大家可以自行前往学习，如下：

这个文章正文描述的全部的分析，都是在降维聚类分群 :

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首先是大群，然后是细分亚群，并没有任何出彩的地方。当然了，如果把时间退回到三年前，这个分析意义其实不一样！我不知道这个研究成果《Cell atlas of human uterus》，还会在预印本挂多久。现在都是几十个10X样品才有可能勉强称作是 细胞图谱研究了。

如果你对单细胞数据分析还没有基础认知，可以看基础10讲：

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