一个农学生的“自我救赎”

1 选择

各位好,我叫小汪,一个来自湖北,现就读于华中农业大学的准大四学生。
可能对于外省的很多人来说,华中农业大学实在是名不见经传。18年6月,我高中毕业,拿着一个不算高的分数,想报好的学校的计算机专业分数却远远不够,最后选来选去,要不就华农吧,好歹有“七校联合”和“全国顶尖农业211院校”的称号。
选择专业的时候,我还是在第一志愿上填了计算机,最后阴差阳错的录取了植物生产,分流时选择了植物保护这个专业。植物保护可不只是保护植物这么简单,我们的三大方向:植物病理、农药、昆虫,每一项单拎出来都是无数科学家努力奋斗的方向。

2 努力

在农业院校读书,我们很早就接触了转基因、基因编辑等前沿技术和方法,我也在大一进入实验室参与科研项目,磨炼实验技能。为了扩大自己的知识面,我加入了两个实验室,一个是生物质与生物质能实验室,一个是小麦产量调控实验室。一样的是,大家都是拼命在实验室熬破了头,不一样的是生物质与生物质能实验室曾经做生信的师兄师姐已经毕业,现在断了层,服务器也无人维护处于荒废阶段;而小麦产量调控实验室是年轻PI,刚从国外回来,生信正处于摸索起步阶段,实验室也还没有招到做生信的学生,想要培养自己的学生做生信。
几年下来,做了不少实验,也能独立做实验、分析了,但经常会面临过程相当懵逼、结果令人头秃的状态。
好在,年轻PI的好兄弟是做生信非常厉害的教授,在老师的熏陶下,我也渐渐去了解了生信是什么东西。

3 方向

大二下的时候,不巧赶上了新冠疫情,无法返校只能在家上网课,是灾难但也是机会。在这个时候,我有更多机会选择自己想上的课,于是我报了植科院其他专业的生物信息学课程(那个时候我们专业还没有开设生物信息学课程),经过老师批准,我如选课学生一样,按时提交每节课的作业,一个学期下来,对生信常用的数据库、测序原理、比对建树的软件等等有了更深入的了解,兴趣也愈加浓厚。课程内容有点类似于这些天《生信技能树》公众号宣传的公开课:

  • 中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学
  • 中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学
    有了这些基础,然后我开始有针对性去搜寻生信相关的内容,杨焕明院士、华大、人类基因组计划、单细胞技术……
    随后,我四处寻找和打听,了解到了健明老师和生信技能树,终于发现了这个宝藏。
    看着健明老师每天都会更新的推文,我常常看不懂是在讲什么,有的时候会想,什么时候我也能看着它笑着说:嗯,这个地方还可以改得更好。 于是,我开始看更加基础的内容,从花花和豆豆老师的学习小组开始,到Linux基础、R基础,再到转录组原理、单细胞聚类……
    突然觉得我也应该写点东西记录下来,一是提高内化整理的能力,二是记录分享。

    4 上路

    终于,我在今年三月创建了自己的公众号“小汪Waud”,意在时刻提醒自己“小汪What are u doing”,几个月下来写了二十多篇原创,除去自己课上的心得,主要的还是生信学习笔记,但因为我没有在别的平台做推广,所以关注量很少,仅限身边的朋友。不过,初心就是记录自己的学习笔记,所以自己也不是很在意关注量。
    同月,健明老师发布了【优秀本科生毕业设计辅导第二期】,我立马申请加入了生信后期之秀小分队,认识了周运来、庄亮亮、黄思源、陈文燕等优秀的师兄师姐,也在这里结实了一些学习生信志同道合的朋友。
    5月,期中考试刚结束,我立马前往南京大学,在前面提到的老师好兄弟的课题组学习了三天,算是第一次接触纯生信实验室,感叹分析能力强大的同时,也会思考实验和分析的关系。
    慢慢的,我的规划从实验(不确定)→纯分析→实验和分析同时进行。在保研阶段选择了本校一位非常支持我学习生信,有资源人品好的老师。

    5 憧憬

    6月底的时候,我曾联系健明老师问大四能不能过去长期实习,但因为之前找健明老师要的转录组资料还没有分析完,很愧疚所以后面一直不好意思开口。没做完一是因为我的毕业课题进入攻坚阶段,暑假每天高强度实验;二是因为在学习阶段,我常常会纠结一些细节,举一些最简单的例子,在刚通过prefetch批量下载完SRA数据以后,sra数据保存在对应的文件夹中,我该如何快速提取并转化为fastq格式,因此会去找不同的方法和命令,想办法搞清楚为什么是这样;再比如说,我在看到fastq格式的时候,会去系统的学习生信常见数据格式;在拿到表达数据以后,去看FPKM和TPM的计算过程,去了解FPKM和RPKM到底为什么错了;会在因为自己搬运代码比对的时候占满服务器的线程而慌乱的时候,去研究该怎么去控制核心和线程……
    也许我学的确实很慢,但回头看看,一步一个脚印的感觉真的还挺踏实。
    我曾经糊糊涂涂的进入生物领域,好在现在算是找到了目标。未来,我希望能在一年内把生信基础打扎实,然后以分析为枪,以实验为子弹,在自己的战场上愈战愈勇。
    最后,感谢健明老师和生信技能树团队,虽然在未来我可能还要不断白嫖,但仍衷心祝愿生信技能树越来越好。

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