标准的单细胞转录组数据分析全部图表复现都在代码海洋

去年我们介绍过codeocean ,算是生物信息学数据分析者的一个福音,因为大量的好文章都是把绘图数据及代码一股脑的打包上去了,关键是都是可以重复出来的!
比如 chordDiagram 和 circos.trackPlotRegion两个函数,来自于circlize这个R包。就可以完成一个药物靶点以及其对应的通路关系的圈圈图,详见:《代码海洋-你想模仿的这里都有啊》
然后我们注意到前些天《单细胞天地》公众号分享了一个文献:单细胞转录组揭示肺腺癌特有的肿瘤微环境,它并没有配套的gse数据集链接,如下所示:

文章题目:Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental patterns in lung adenocarcinoma
日期:2021-10-18
期刊:Oncogene
链接:https://www.nature.com/articles/s41388-021-02054-3
代码:https://doi.org/10.24433/CO.0121060.v1

本来以为这样的文献就没有意义了,没有数据公开,它的价值约等于0 ,不过我留意到它代码在codeocean,简直是太棒了!
它代码在codeocean
可以看到这个项目的10x数据分析表达量矩阵,以及配套代码,甚至全部的图表,都是在公开可以学习的!
正好我们的学徒单细胞数据分析交流也选择了它,每晚九点,持续100次!欢迎对单细胞感兴趣的小伙伴加入一起讨论学习以及 提高!

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