编程语言软件环境主要指的是r语言软件本身以及配套的IDE软件，最近我的rsutdio这个ide人家一直提示我要更新，考虑到教学的需要，就彻底更新给大家看！

而且很多人遇到了seurat版本问题 ：

因为新手第一次安装，默认安装最新版，r语言软件，rstudio这个ide软件，里面的各个包！

> .libPaths()
[1] "C:/Users/jimmy/AppData/Local/R/win-library/4.3"
[2] "C:/Program Files/R/R-4.3.1/library"

我的seurat是v4，但是初学者现在开始默认安装的都是v5，会冲突。下面是我找得到目前为止（2023年12月22日）最新的下载链接，我来给大家演示一下：

• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
  • https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-4.3.2-win.exe
• https://posit.co/download/rstudio-desktop/
  • https://download1.rstudio.org/electron/windows/RStudio-2023.12.0-369.exe

首先可以卸载全部的seurat相关的包（如果有的话），如果你是全新电脑第一次接触r其实不需要卸载包，因为你本来就没有。。。

> library(Seurat)
The legacy packages maptools, rgdal, and rgeos, underpinning the sp package,
which was just loaded, will retire in October 2023.
Please refer to R-spatial evolution reports for details, especially

https://r-spatial.org/r/2023/05/15/evolution4.html.

It may be desirable to make the sf package available;
package maintainers should consider adding sf to Suggests:.
The sp package is now running under evolution status 2
 (status 2 uses the sf package in place of rgdal)
Attaching SeuratObject
> detach("package:Seurat", unload = TRUE)
> detach("package:SeuratObject", unload = TRUE)

一个简单的快捷方式，需要进去自己的r包所在的目录，然后终端输入下面的代码 :

 ~/AppData/Local/R/win-library/4.3
$ ls -d *eurat*
Seurat/ mousecortexref.SeuratData/
SeuratObject/ panc8.SeuratData/
bmcite.SeuratData/ pancreasref.SeuratData/
bonemarrowref.SeuratData/ pbmc3k.SeuratData/
cbmc.SeuratData/ pbmcMultiome.SeuratData/
celegans.embryo.SeuratData/ pbmcref.SeuratData/
fetusref.SeuratData/ pbmcsca.SeuratData/
hcabm40k.SeuratData/ ssHippo.SeuratData/
humancortexref.SeuratData/ stxBrain.SeuratData/
ifnb.SeuratData/ stxKidney.SeuratData/
kidneyref.SeuratData/ thp1.eccite.SeuratData/
lungref.SeuratData/

$ rm -rf *eurat*

接下来就可以安装最新版了：

rm(list = ls()) 
options()$repos 
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror 
options()$repos
install.packages('Seurat')
install.packages('WGCNA')

是不是超级简单：